个税应发工资在计算时通常不需要直接减掉缺勤。下面我来详细解释一下：

首先，应发工资是劳动者在提供正常劳动情况下，用人单位应当支付给劳动者的工资报酬。它通常包括基本工资、奖金、津贴、补贴等组成部分。而个税的计算是基于应纳税所得额，这个所得额是在应发工资的基础上，减去一些免税额、专项扣除和专项附加扣除等后得到的。

缺勤，即劳动者未能按照约定的时间或工作量提供劳动。对于缺勤的处理，通常会在用人单位的规章制度或劳动合同中有所约定，比如扣发相应的工资或奖金等。但这种扣发是在应发工资的基础上进行的，而不是在计算个税的应纳税所得额时直接减掉。

换句话说，个税的计算是基于劳动者实际获得的、符合税法规定的收入来进行的，而不是基于劳动者是否缺勤。因此，在计算个税时，我们通常会先确定劳动者的应发工资，然后再根据税法规定进行各项扣除和计算。

所以，如果你对个税应发工资是否要减掉缺勤还有疑问，可以明确的是：在计算个税时，应发工资通常不需要直接减掉缺勤。但如果你在实际操作中遇到了具体情况，比如用人单位因缺勤扣发了你的工资，那么你可以根据实际情况来调整你的应纳税所得额。