针对员工拒绝缴纳社保的问题，公司应当采取一系列积极且合规的措施来处理。以下是我为您提供的详细解答：

首先，明确法律义务：

根据《劳动法》和《社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者都必须依法参加社会保险，并缴纳社会保险费。这是双方的法定义务，不能通过私下协议来规避。因此，即使员工主动要求不参加社保并做出书面承诺，这种承诺也是无效的，公司不能因此免除其缴纳社保的法律责任。

接下来，针对员工拒绝缴纳社保的情况，公司可以采取以下措施：

1. 加强宣传教育：

   • 向员工详细解释社保的重要性和好处，包括医疗保障、养老保障、失业保障等。
   • 强调社保是法定权益，也是未来生活的保障，让员工认识到缴纳社保的必要性。

2. 明确告知风险：

   • 告知员工如果拒绝缴纳社保，公司将面临工伤和医疗费的风险，同时也可能被劳动者投诉或被行政部门处罚。
   • 强调私下签订的协议不具有法律效力，无法保护双方的权益。

3. 依法处理：

   • 如果员工仍然坚持拒绝缴纳社保，公司应当保留相关证据，如员工的书面拒绝声明等。
   • 在必要时，公司可以向当地劳动保障行政部门或社会保险经办机构咨询并寻求帮助，以确保公司的合规运营。

4. 考虑员工需求：

   • 了解员工拒绝缴纳社保的具体原因，如经济压力、对社保制度的不了解等。
   • 根据员工的需求和实际情况，提供适当的帮助或解决方案，如协助员工申请社保补贴、提供社保知识培训等。

最后，需要强调的是，公司应当始终遵守法律法规，确保员工的合法权益得到保障。在处理员工拒绝缴纳社保的问题时，公司应当采取积极、合规的措施，与员工进行充分沟通，并寻求合理的解决方案。同时，公司也应当加强内部管理，确保社保缴纳的准确性和及时性，避免因此产生的法律风险和经济损失。