员工把工资存在公司通常是不合法的。下面我将从法律角度对此进行详细解释：
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着工资应直接支付给员工个人，而不是存入公司账户。
公司账户与个人账户的区别：
- 公司账户是用于企业经营活动的账户，而个人账户则是个人用于存储和支配自己收入的账户。将工资存入公司账户，可能会混淆企业资金与个人资金，不利于员工个人权益的保护。
潜在违法风险：
- 如果公司未经员工同意，擅自将工资存入公司账户，这可能构成对员工合法权益的侵害。员工有权要求公司按照法律规定支付工资，并有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
特殊情况下的合法性：
- 然而，也存在一些特殊情况。例如，如果公司与员工之间有事先的明确协议，或者由于某些特定的法定程序或需求，并且遵循了相关法律规定，那么将工资支付至公司账户可能被视为合法。但这种情况需要具体分析，并不能作为一般原则来适用。
综上所述，员工把工资存在公司通常是不合法的，因为这违反了劳动法的相关规定。公司应当按照法律规定，将工资直接支付给员工本人。如果员工遇到公司不按规定支付工资的情况，应当及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。