员工福利费扣除在符合一定条件下是合法的。具体来说：

1. 扣除比例与条件：

   • 根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第四十条规定，企业发生的职工福利费支出，不超过工资、薪金总额14%的部分，准予扣除。
   • 列入企业员工工资薪金制度、固定与工资薪金一起发放的福利性补贴，如果符合《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》的规定，可作为企业发生的工资薪金支出，在税前扣除。不能同时符合上述条件的福利性补贴，则作为职工福利费，按规定计算限额税前扣除。

2. 福利费的内容：

   • 职工福利费包括尚未实行分离办社会职能的企业内设福利部门所发生的设备、设施和人员费用，以及为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利。
   • 具体如企业向职工发放的因公外地就医费用、未实行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴、职工交通补贴等，均属于职工福利费的范围。

3. 注意事项：

   • 企业需要单独设置账册，对职工福利费进行准确核算。如果没有单独设置账册准确核算，税务机关可能会对企业发生的职工福利费进行合理的核定。
   • 企业在处理职工福利费扣除问题时，应确保遵守相关法律法规，并咨询专业税务人员或律师的意见，以确保税务处理的合法性和合规性。

综上所述，员工福利费扣除在符合税法规定的前提下是合法的。企业在处理相关税务问题时，应仔细审查自身情况，确保符合税法要求，并咨询专业人士的意见以避免潜在风险。