当员工因个人原因辞职时，用人单位应当按照一系列明确的步骤来处理相关手续，以确保流程的合规性和双方权益的保护。以下是对用人单位在员工辞职时应办理的手续的详细解答：
一、了解辞职通知的规定
根据《劳动合同法》的相关规定，员工应提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同；如果是在试用期内，则需提前三日通知。这一规定确保了用人单位有足够的时间进行人员调整和交接安排。
二、处理辞职申请
接收辞职通知：用人单位应正式接收员工的辞职信或辞职邮件，并确认其辞职意愿和离职日期。
沟通确认：与员工进行面对面或电话沟通，了解其辞职的具体原因，确认离职日期，并询问是否有需要特别协助的事项。
三、办理工作交接
安排交接工作：要求员工按照双方约定，办理工作交接。这包括但不限于工作进度、项目资料、客户信息、财务账目等。
监督交接过程：用人单位应指派相关人员监督交接过程，确保交接的完整性和准确性。对于重要资料，应进行备份和核对。
确认交接完成：交接完成后，双方应签署交接清单，确认所有工作已交接完毕。
四、出具离职证明
用人单位应在解除或终止劳动合同时，为员工出具解除或终止劳动合同的证明。这份证明应包含员工的离职日期、工作岗位、在职期间的表现等基本信息。
五、办理档案和社会保险关系转移手续
用人单位应在十五日内为员工办理档案和社会保险关系转移手续。这包括将员工的档案转移至其新的工作单位或户籍所在地的人才市场，以及为其办理社会保险关系的转出手续。
六、处理特殊情况
员工未提前通知或未办理交接：如果员工未按照法律规定提前通知或未办理工作交接就离职，用人单位可以根据公司规章制度扣发工资，并要求员工回来办理交接手续。如果因此造成经济损失，用人单位有权要求员工承担赔偿责任。
工作微信等虚拟财产的交接：对于员工在工作期间使用的微信等虚拟财产，如果属于公司所有，员工在离职时应将这些账号交还给公司。如果员工拒绝交还，用人单位可以依法追究其法律责任。
七、保留相关证据
在处理员工辞职过程中，用人单位应保留好所有相关证据，如辞职信、交接清单、离职证明等。这些证据在后续可能出现的纠纷中将起到重要作用。
综上所述，当员工因个人原因辞职时，用人单位应严格按照法律规定和公司内部规章制度办理相关手续，确保流程的合规性和双方权益的保护。