公司补缴社保后，员工在特定情况下确实仍然有权要求经济补偿金。这一权益的保障主要来源于《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。下面我将为您详细解释这一问题：
一、法律依据与解读
《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条：明确指出，如果用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费，劳动者有权解除劳动合同。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条：规定，如果劳动者依据第三十八条的规定解除劳动合同，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：详细说明了经济补偿的计算方式，即按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。
二、一般情况与特殊情况
一般情况：如果公司在劳动者提出解除劳动合同之前存在未依法缴纳社保的情况，并且劳动者以此为由解除劳动合同并要求经济补偿，那么其诉求通常会得到法律的支持。即使公司后续补缴了社保，也不影响劳动者基于公司此前的违法行为主张经济补偿的权利。
特殊情况：然而，也存在一些特殊情况。例如，如果劳动者是在公司补缴社保之后才以之前社保未缴纳为由主张经济补偿，且用人单位能够证明未缴纳社保是由于客观原因（如社保部门系统故障、政策调整等），并已积极采取措施解决问题，同时劳动者没有因此遭受实际损失，那么仲裁机构或法院可能会综合考虑后驳回劳动者的经济补偿请求。
三、维权途径与建议
维权途径：如果公司拒绝支付经济补偿，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉，并申请劳动仲裁来维护自己的权益。在维权过程中，劳动者需要准备充分的证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录以及社保缴纳记录等，以证明自己的劳动关系以及用人单位未依法缴纳社保的事实。
建议：劳动者在离职前应仔细核查自己的社保缴纳情况，确保自己的权益没有受到损害。如果发现社保未依法缴纳，应及时与公司进行沟通协商。如果协商无果，劳动者可以依法采取维权措施来保护自己的合法权益。
综上所述，公司补缴社保后，员工在特定情况下仍然有权要求经济补偿金。劳动者应充分了解自己的合法权益，并在必要时依法进行维权。