超市员工工资确实会扣除五险一金的费用。这是基于我国相关法律法规的明确规定，也是用人单位和员工的共同义务。

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国社会保险法》及《住房公积金管理条例》，用人单位必须为员工缴纳五险一金，这包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险以及住房公积金。这些费用通常会在员工的工资中扣除。

2. 扣除方式：

   • 五险一金的扣除通常是根据员工的工资基数和当地的缴费比例来确定的。超市作为用人单位，会按照法律规定的比例从员工的工资中扣除相应的五险一金费用，并代缴给相关部门。

3. 员工权益：

   • 员工在享受五险一金的同时，也应注意自己的权益保护。如果超市没有依法为员工缴纳五险一金，或者扣除的费用与实际情况不符，员工有权向相关部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

4. 实际操作建议：

   • 员工应定期查询自己的社保和公积金账户，确保缴费情况正确无误。
   • 如对五险一金的缴纳情况有疑问，应及时与超市的人力资源部门沟通，并要求其提供相关的缴费证明或解释。

综上所述，超市员工工资中确实会扣除五险一金的费用，这是基于法律法规的明确规定，也是保障员工社会保障权益的重要措施。员工应了解自己的权益，并在必要时采取相应措施来维护自己的合法权益。