您好，关于个税系统中本期收入是指应发工资还是实发工资的问题，我可以给您一个清晰、详细且深度的解答。

在个税系统中，本期收入一般是指应发工资。应发工资是员工在领取工资薪金时，尚未被扣除掉个人负担部分的社保费用与预先缴纳的个税的那一部分所得。它包括了基本工资、交通补贴、通信补贴、住房补贴、防暑降温补贴等各类津贴补助，以及加班工资、业绩提成、奖金等额外收入。换句话说，应发工资是员工在付出劳动后应得的全部报酬，只是在实际发放时，会有一部分被用于缴纳社保和个税。

而实发工资则是员工实际到手的金额，它是应发工资扣除个人负担的社保费用、预缴的个税以及其他可能扣除的项目（如缺勤、旷工等）后的金额。因此，实发工资是员工真正能够支配的收入。

在个税申报和计算过程中，本期收入以及个人累计收入都是指本期应发工资和应发工资累计数。计算个税时，会以应发工资作为基准来确定应纳税所得额，即应发工资减去五险一金及其他法定扣除项目后的余额。然后，根据适用的税率和速算扣除数，计算得出应缴纳的个人所得税数额。

综上所述，个税系统中的本期收入是指应发工资，而不是实发工资。希望这个解答能够解决您的疑问。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。