关于您提出的“两处拿工资一处上社保是否合法”的问题，这是一个涉及劳动法和社会保险法的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面的分析
工资支付方面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。这意味着，无论劳动者是由一家公司还是多家公司支付工资，只要这些公司都按时足额支付了工资，就符合法律的规定。
社保缴纳方面：
- 依据《中华人民共和国社会保险法》，职工应当参加基本养老保险、基本医疗保险等社会保险，这些费用由用人单位和职工共同缴纳。社保的缴纳主体是与劳动者签订劳动合同并承担法律责任的单位。在您描述的情况下，如果两家公司都与劳动者签订了劳动合同，但只有其中一家负责缴纳社保，而另一家不承担此责任，这种做法在法律形式上并不直接违反强制性规定。但需要注意的是，这种安排可能因地区社保政策执行差异而引发争议。
二、实际操作中的注意事项
明确约定与协调：
- 两家公司之间需要就工资发放、社保缴纳等事项进行明确的约定和协调，以确保劳动者的合法权益得到切实保障。这有助于避免用工混同或责任不清所引发的争议。
社保缴纳情况查询：
- 劳动者应定期查询自己的社保缴纳记录，确保没有漏缴或断缴的情况。这是保障自身社保权益的重要步骤。
个税申报合规性：
- 当劳动者在两处取得工资时，个人所得税需要合并计算。劳动者应依法合并申报个税，以避免因少缴税款而面临税务部门的追缴和处罚。
劳动权益保障：
- 在多处建立劳动关系时，劳动者应特别关注各用人单位的劳动权益保障情况。特别是在发生工伤等意外情况时，需要明确哪个单位承担主要责任，以确保自己的权益得到有效保障。
三、可能引发的风险与应对措施
社保缴纳争议：
- 由于部分地区社保政策执行可能存在差异，双重劳动关系认定和社保缴纳责任可能产生争议。对此，劳动者和用人单位应密切关注当地社保政策，确保合规操作，并在必要时咨询专业法律意见。
个人所得税问题：
- 未依法合并申报个税可能导致少缴税款，进而面临税务处罚。劳动者应增强税法意识，确保个税申报的准确性和合规性。如有需要，可以寻求税务专业人士的帮助。
劳动争议：
- 用工混同或责任不清可能引发劳动争议。劳动者在用工过程中应保留好相关证据，如劳动合同、工资单等，以便在必要时维护自己的合法权益。同时，用人单位也应加强用工管理，确保依法合规用工。
总结：两处拿工资一处上社保的做法在法律上通常是合法的，但实际操作中需要谨慎处理以确保合规性和劳动者的权益保障。劳动者和用人单位都应充分了解相关法律法规和政策要求，明确各自的权利和义务，确保依法合规地履行劳动合同和社保缴纳义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关机构。