结论：一年劳动合同约定三个月转正是否合法，关键在于“转正”的具体含义。若“转正”指的是试用期结束，则此约定违法；若“转正”仅为企业内部考核或评级变化，与试用期无关，且实际试用期未超法定上限，则此约定本身不违法。
详细分析：
若“转正”指试用期结束：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月。因此，如果劳动合同中直接约定一年合同期为三个月试用期（即三个月转正为试用期结束），该条款因违反法律强制性规定而无效。
- 法律后果：用人单位若违法约定了过长的试用期，劳动者有权向劳动行政部门投诉。劳动行政部门将责令用人单位改正，若违法约定的试用期已经履行，用人单位还需以劳动者试用期满月工资为标准，按已经履行的超过法定试用期的期间向劳动者支付赔偿金。
若“转正”仅为企业内部考核或评级变化：
- 如果“三个月转正”并非指试用期结束，而是指企业内部对于员工从入职到经考核认定达到正式员工工作标准的一个过渡期限，且这个过程中约定的试用期没有超过法律规定的上限（如两个月），那么这种约定本身并不违法。它更多地是企业内部管理的一种做法，只要双方同意并明确在合同中，就是合法的。
- 实际操作建议：在这种情况下，劳动合同应清晰区分“试用期”和“转正考核期”，避免使用模糊表述导致争议。同时，公司制定的转正考核制度也不得突破法律规定的试用期上限。
劳动者权益保护建议：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于试用期和转正的约定，确保自己的权益不受侵害。
- 如有疑问或觉得不对劲，应及时向用人单位提出，并要求解释清楚。若用人单位的解释仍无法消除疑虑，劳动者可以寻求法律帮助，比如直接向我咨询，以维护自己的合法权益。
用人单位合规建议：
- 用人单位在制定劳动合同时，应严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》关于试用期的规定，确保试用期的约定合法且合理。
- 同时，用人单位也应完善内部考核机制，明确转正的标准和程序，避免因内部管理不善而引发劳动争议。
总之，一年劳动合同约定三个月转正的合法性取决于“转正”的具体含义。劳动者和用人单位都应了解相关法律法规，确保自己的行为合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。