两年合同约定三个月转正是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月。这是法律对试用期长度的明确限制，旨在保护劳动者的权益，防止用人单位通过设定过长的试用期来规避对劳动者的正式雇佣责任。
二、具体分析
试用期长度限制：
- 对于签订两年劳动合同的劳动者，其试用期最长不得超过两个月。这是法律的硬性规定，用人单位必须遵守。
“三个月转正”的违法性：
- 如果用人单位与劳动者约定三个月转正，即意味着试用期为三个月，这明显超过了法律规定的两个月上限，因此是违法的。
违法约定的后果：
- 如果用人单位违反法律规定，与劳动者约定了过长的试用期，劳动者有权要求用人单位按照正式员工的标准支付工资及福利待遇。
- 劳动者还可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位承担相应的法律责任，如支付赔偿金等。
三、建议与注意事项
了解法律规定：
- 劳动者在签订劳动合同前，应充分了解相关法律法规，特别是关于试用期的规定，确保自己的合法权益不受侵害。
协商确定试用期：
- 用人单位与劳动者在签订劳动合同时，应根据实际情况协商确定合理的试用期，并在合同中明确约定。试用期长度应严格遵守法律规定的上限。
保留证据：
- 在试用期间，劳动者应保留好相关的工作记录、考勤记录等证据，以备不时之需。这些证据在日后可能发生的劳动争议中将成为重要的维权依据。
及时维权：
- 如果劳动者发现用人单位约定的试用期超过法定标准，应及时与用人单位协商修改合同条款。协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁来维护自身权益。
综上所述，两年合同约定三个月转正是不合法的。劳动者在签订劳动合同时应谨慎对待试用期条款，确保自己的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。