工厂门卫摸口袋搜身的行为一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
公民人身自由权受法律保护：
- 根据我国《宪法》第三十七条规定，中华人民共和国公民的人身自由不受侵犯。任何公民，非经人民检察院批准或者决定或者人民法院决定，并由公安机关执行，不受逮捕。禁止非法拘禁和以其他方法非法剥夺或者限制公民的人身自由，禁止非法搜查公民的身体。
- 工厂门卫并非执法机关，无权对员工进行搜身，这种行为侵犯了员工的人身自由权。
可能涉及的法律责任：
- 如果工厂门卫的搜身行为构成违法，根据《治安管理处罚法》的相关规定，可能会受到行政处罚，如罚款、拘留等。
- 如果搜身行为给员工造成了身体或精神上的损害，员工还有权要求工厂或门卫承担民事赔偿责任，包括医疗费、精神损害抚慰金等。
实际操作角度
工厂管理规定不能凌驾于法律之上：
- 即使工厂有内部管理规定要求门卫对员工进行搜身，这一规定也不能违反国家法律。员工有权拒绝非法搜身，并可以向相关部门投诉或寻求法律帮助。
合法合规的替代方案：
- 工厂如果出于安全考虑需要检查员工携带的物品，可以采取合法合规的方式，如设置安检设备、要求员工主动出示物品等，而不是通过搜身这种侵犯人身自由的方式。
员工应对建议
明确拒绝非法搜身：
- 如果遇到工厂门卫要求搜身，员工应明确拒绝，并告知对方这种行为是违法的。
保留证据并寻求帮助：
- 如果门卫坚持搜身或采取了其他不当行为，员工应尽可能保留相关证据，如录音、录像、证人证言等，并及时向工厂管理层、劳动监察部门或公安机关投诉或寻求法律帮助。
了解自身权益并维护：
- 员工应了解自己的合法权益，包括人身自由权、隐私权等，并在受到侵犯时积极维护自己的权益。
综上所述，工厂门卫摸口袋搜身的行为是不合法的，员工有权拒绝并寻求法律帮助。如果遇到这种情况，建议员工保持冷静，明确拒绝非法搜身，并保留相关证据以便后续维权。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁方面的问题，可以直接向我咨询。