下班时门卫检查员工汽车后备箱是否合法，需分情况讨论：
若公司有合法合理的规章制度，且检查行为不侵犯员工隐私权等合法权益：
- 合法性基础：公司作为管理者，有权制定规章制度以维护公司秩序和安全。如果规章制度中明确规定了下班时对员工车辆进行检查的条款，并且该条款的制定程序合法（如经过民主程序制定、公示等），同时检查行为本身不侵犯员工的隐私权等合法权益，那么这种检查行为在一定程度上是可以被视为合法的。
- 隐私权保护：然而，即便公司有规章制度，检查行为也必须尊重员工的隐私权。后备箱属于员工的私人空间，除非有合理理由（如怀疑员工携带公司财物或违禁品），否则公司不应随意检查。如果检查行为缺乏合理理由或过于频繁，可能构成对员工隐私权的侵犯。
若公司规章制度不合法或检查行为侵犯员工合法权益：
- 规章制度不合法：如果公司的规章制度未经过民主程序制定、未公示或内容违法，那么该规章制度对员工不具有约束力。在此情况下，门卫依据不合法的规章制度对员工汽车后备箱进行检查，显然是不合法的。
- 侵犯合法权益：如果检查行为侵犯了员工的隐私权、人身自由权等合法权益，员工有权拒绝检查，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。例如，如果门卫在检查过程中强行打开员工后备箱、对员工进行人身搜查或扣留员工车辆等，这些行为都可能构成违法。
法律建议：
- 对于公司：应制定合法合理的规章制度，并明确检查员工车辆的条件和程序。在检查前，应确保有合理理由，并尊重员工的隐私权。如果需要进行检查，最好事先告知员工并取得其同意。
- 对于员工：如果认为公司的检查行为不合法或侵犯了自己的合法权益，可以拒绝检查并保留相关证据。随后，可以向公司的人力资源部门或工会反映情况，或者向劳动监察部门投诉。如果问题严重，还可以考虑寻求法律援助或提起诉讼。
可能法律后果：
- 如果公司检查行为合法：员工应配合检查，否则可能面临公司的纪律处分。
- 如果公司检查行为不合法或侵犯员工合法权益：公司可能面临劳动监察部门的处罚，员工也有权要求公司承担相应的法律责任，如赔偿损失、恢复名誉等。
总之，下班时门卫检查员工汽车后备箱的合法性取决于公司的规章制度是否合法合理以及检查行为是否侵犯员工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。