结论：厂里让查工人汽车的后备箱和后座是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
从隐私权角度：
- 隐私权是公民的基本权利之一，受到法律的保护。工人作为公民，其个人隐私，包括车辆内部空间（如后备箱和后座），原则上不应被无故侵犯。
- 如果工厂没有合理的理由（如怀疑工人携带违禁品或盗窃工厂财物等），且未经工人同意，擅自检查其车辆的后备箱和后座，可能构成对工人隐私权的侵犯。
从工厂规章制度角度：
- 工厂有权制定规章制度来管理员工和保障工厂的正常运营。然而，这些规章制度必须合法、合理，且不得侵犯员工的合法权益。
- 如果工厂的规章制度中明确规定了可以检查员工车辆的后备箱和后座，并且这一规定不违反法律法规，同时工厂在执行时也遵循了合理的程序（如事先通知、有合理怀疑等），那么这种检查可能是合法的。但即便如此，工厂也应尽量尊重工人的隐私权，避免不必要的侵犯。
从劳动法角度：
- 根据劳动法的相关规定，雇主应当尊重和保护劳动者的合法权益，不得侵犯劳动者的人身自由和人格尊严。
- 擅自检查工人车辆的后备箱和后座，如果缺乏合理依据和合法程序，可能被视为对劳动者权益的侵犯，劳动者有权向相关部门投诉或寻求法律援助。
建议：
- 对于工厂：在制定和执行相关规章制度时，应充分考虑工人的合法权益，确保规章制度的合法性和合理性。如果确实需要检查工人车辆的后备箱和后座，应事先通知工人，并说明检查的理由和程序，尽量获得工人的理解和配合。
- 对于工人：如果认为工厂的检查行为侵犯了自己的隐私权或合法权益，可以与工厂进行沟通协商，要求工厂停止不当行为。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
后续行动：
- 如果工厂坚持要进行检查，工人可以要求工厂出示相关的规章制度或法律依据，并评估这些规定或依据是否合法、合理。
- 如果工人认为自己的权益受到侵犯，可以收集相关证据（如检查通知、现场照片、视频等），并向劳动监察部门或法律援助机构寻求帮助。
总之，厂里让查工人汽车的后备箱和后座是否合法，取决于多种因素，包括检查的理由、程序、工厂的规章制度以及劳动法的相关规定等。在处理这类问题时，应充分考虑各方的权益和合法性，避免不必要的纠纷和冲突。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。