公司查员工后备箱的行为是不合法的，这侵犯了员工的隐私权和休息权利。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 从法律角度：

   • 根据我国现行的法律法规，公司并不属于执法部门，未经合法授权擅自对员工私人车辆进行检查是没有法律依据的行为。除了公安机关依照法定职权实施检查外，其他单位以及个人皆无权干涉公民关于其车辆、财物的自由。
   • 私人车辆是属于个人财产的一部分，车主享有完整的所有权，包括汽车的行李厢，这是受到个人隐私保护的。任何公权力和私权力的侵犯均不被容许。

2. 从公司治理角度：

   • 虽然公司有权制定内部安全保护制度，并要求员工遵守，但这并不意味着公司可以随意侵犯员工的隐私权。公司有权登记员工因业务需求而携带进入或离开公司的物资及车辆，但这并不等同于可以对员工的私人车辆进行搜查。
   • 内部保安人员可对员工携带出入口公司的物资和车辆进行检查并予以登记，但这种检查应当是基于必要且适当的原则，并且应当明确区分业务物资与个人物品。

3. 从员工权益角度：

   • 员工有权保护自己的隐私权和休息权利，不受公司无理的侵犯。如果公司要求检查员工后备箱，员工有权拒绝，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
   • 面对此类情况，员工可以先尝试与公司协商，寻求妥善解决方案。若无果，则可以选择向劳动监察大队或当地劳动行政部门报告投诉；如仍无法解决，个人亦可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，对于仲裁结果存在异议者，还可以发起民事诉讼程序。

综上所述，公司查员工后备箱的行为是不合法的，侵犯了员工的隐私权和休息权利。如果员工遇到此类情况，应当勇敢维护自己的合法权益，并寻求相应的法律援助。如果你有任何关于劳动纠纷或合同纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。