结论：公司搜查员工行李箱是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及员工隐私权保护与公司管理权的平衡。以下从不同角度进行分析：

1. 公司是否有权搜查员工行李箱？

• 一般原则：公司作为用人单位，对员工负有管理职责，但这种管理权并非无限制。员工行李箱属于个人隐私范畴，公司未经员工同意擅自搜查，可能侵犯员工隐私权。
• 例外情形：若公司有合理理由怀疑员工携带公司财物或违禁品，且搜查行为符合公司规章制度（该规章制度需经民主程序制定并公示，且内容合法合理），同时搜查过程尊重员工基本尊严（如由同性人员搜查、避免公开搜查等），则可能被认定为合法。

2. 公司搜查行李箱的合法性要件：

• 规章制度依据：公司需有明确的规章制度规定搜查情形、程序及后果，且该制度需经职工代表大会或全体职工讨论通过，并公示或告知员工。
• 合理怀疑：公司需有具体事实或证据表明员工可能携带公司财物或违禁品，而非主观臆断或泛泛而谈。
• 程序合法：搜查过程需尊重员工人格尊严，避免侵犯员工其他合法权益（如名誉权、肖像权等）。例如，搜查应在合理时间内进行，避免影响员工正常生活；搜查结果需保密，不得随意泄露。

3. 公司违法搜查的法律后果：

• 民事责任：若公司违法搜查侵犯员工隐私权，员工有权要求公司停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失等。
• 行政责任：若公司行为违反《治安管理处罚法》等相关规定，可能面临行政处罚（如罚款、警告等）。
• 刑事责任：在极端情况下，若公司搜查行为构成非法搜查罪（如多次搜查、搜查多人、搜查过程中使用暴力等），相关责任人可能面临刑事处罚。

4. 员工应对建议：

• 保留证据：若员工遭遇公司违法搜查，应尽可能保留相关证据（如搜查通知、现场照片、视频、证人证言等）。
• 协商解决：员工可先与公司协商，要求公司停止侵权行为并赔偿损失。
• 投诉举报：若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉举报，或向工会、妇联等组织寻求帮助。
• 法律途径：员工还可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身合法权益。

总结：公司搜查员工行李箱是否违法，需结合具体情况判断。若公司无合理理由、未遵循合法程序擅自搜查，则可能构成侵权。员工在遭遇此类情况时，应保留证据并寻求法律帮助。如有具体法律问题，可直接向我咨询。