结论：工地上班下班门卫查包是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及员工隐私权、公司规章制度合法性及查包目的与方式是否合理等因素。
分析如下：
员工隐私权保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有隐私权，任何组织或个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。员工的个人物品，包括背包等，属于其私人领域，受到隐私权的保护。
- 如果门卫查包行为未经员工同意，且查包过程中涉及对员工个人隐私的侵犯，如翻看员工私人信件、照片等，则该行为可能构成违法。
公司规章制度的合法性：
- 公司有权制定规章制度来管理员工和保障公司财产安全，但这些规章制度必须合法、合理，且不得侵犯员工的合法权益。
- 如果公司规章制度中明确规定了门卫查包的程序、范围及目的，并且这些规定不违反法律法规，不侵犯员工隐私权，那么门卫按照规章制度进行查包可能是合法的。
查包目的与方式的合理性：
- 门卫查包的目的应当是为了维护公司财产安全或防止违禁物品进入工地，而非对员工进行无端的搜查或侵犯。
- 查包的方式应当合理、适度，避免对员工造成不必要的困扰或伤害。例如，查包应当在员工自愿或事先告知的情况下进行，且查包过程应当公开、透明，避免私下进行或涉及对员工身体的直接接触。
具体建议：
- 对于员工：如果认为门卫查包行为侵犯了自己的合法权益，可以与公司沟通协商，要求公司停止侵权行为或修改相关规章制度。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 对于公司：应当制定合法、合理的规章制度来规范门卫查包行为，明确查包的目的、范围及程序，并确保这些规定不侵犯员工的合法权益。同时，公司应当加强对门卫的培训和管理，确保查包行为合法、合规、合理。
特殊情况说明：
- 如果工地涉及特殊安全要求，如易燃易爆物品管理、国家安全等，且公司规章制度中明确规定了门卫查包的必要性及程序，同时这些规定符合法律法规的要求，那么门卫查包行为可能具有更高的合法性。但即便如此，也应当尽量减少对员工隐私的侵犯，并确保查包过程的公开、透明和合理性。
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