针对“员工怀孕了不能胜任工作怎么办”这一问题，这确实是一个需要用人单位和员工双方共同谨慎处理的情况。以下是从不同角度出发，提供的详细处理建议：
对于怀孕员工
及时沟通并提供医疗证明：
- 一旦发现自己因怀孕导致身体状况无法胜任原工作，应立即与用人单位沟通，并提供正规医疗机构出具的诊断证明和休假建议。这是证明你身体状况和无法正常工作的关键依据。
协商调整岗位或工作安排：
- 主动与用人单位协商，看是否可以调整到一个相对轻松、能够胜任的工作岗位，或者根据医疗建议安排适当的休息时间。这既有利于你的身体健康，也能确保工作的连续性。
了解并享受相关假期：
- 根据法律规定和单位制度，了解自己可以享受的病假、产假等相关假期，并按照单位流程办理请假手续，提供必要的材料。
维护自身合法权益：
- 了解自己在孕期的合法权益，如不得被随意解除劳动合同等。如果遇到用人单位的不当行为，可以寻求法律支持，确保自己的权益不受损害。
对于用人单位
核实员工身体状况：
- 收到员工因怀孕无法胜任工作的告知后，应要求员工提供正规医疗机构出具的相关证明，以核实其身体状况的真实性和严重性。
合理安排工作岗位和劳动保护：
- 根据员工的身体状况和实际工作能力，调整到合适的工作岗位，确保工作环境安全、卫生，避免对孕妇及胎儿造成不良影响。新岗位的工作强度、工作环境等应适应怀孕员工的身体状况，且薪资待遇原则上不应降低。
支付工资和福利待遇：
- 在员工因身体原因休假或调整岗位期间，应按照法律法规和劳动合同的约定，支付员工相应的工资和福利待遇。如员工请病假，应按照当地规定的病假工资标准支付。
谨慎处理解除劳动合同：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得随意解除劳动合同。除非员工存在严重违反用人单位规章制度等法定情形，否则不得解除与怀孕员工的劳动合同。如果确实需要解除，必须依法支付经济补偿金，并确保员工的合法权益不受损害。
加强内部沟通和管理：
- 加强与怀孕员工的沟通，及时了解其身体状况和需求，提供必要的支持和帮助。同时，建立健全相关制度，确保在处理类似情况时能够有法可依、有章可循。
共同原则
- 人文关怀与法律原则并重：无论是用人单位还是员工，都应秉持人文关怀和法律原则，共同协商解决方案。用人单位应给予员工必要的理解和照顾，员工也应积极配合用人单位的安排。
- 确保双方权益得到妥善保障：通过双方的共同努力，确保用人单位的正常运营和员工的合法权益得到妥善保障，维护良好的劳动关系。
综上所述，处理怀孕员工因身体原因无法胜任工作的情况需要用人单位和员工双方的共同努力和相互理解。通过遵循相关法律法规、加强沟通协商、合理安排工作岗位和劳动保护等措施，可以确保双方的权益得到妥善保障。