当您在停工留薪期发现公司少发工资时，您可以按照以下步骤与公司进行协商，以维护自己的合法权益：

一、了解相关法律法规

首先，您需要明确自己在停工留薪期的工资权益。根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，应由所在单位按月支付。这是您与公司协商的基础，也是您要求公司补发工资的法律依据。

二、准备相关证据材料

在与公司协商之前，您需要准备好能够证明自己处于停工留薪期以及应得工资数额的相关证据材料。这些材料可能包括：

1. 医院的诊断证明和休假证明，证明您因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗。
2. 工伤认定决定书，确认您的工伤身份和停工留薪期。
3. 劳动合同和工资条，证明您与公司的劳动关系以及应得工资数额。

三、与公司进行友好协商

1. 明确诉求：与公司协商时，您应明确表达自己的诉求，即要求公司按照法律法规支付您停工留薪期间的工资福利，并指出公司少发的具体金额。
2. 提供证据：将您准备好的相关证据材料提交给公司，以证明您的诉求是合理合法的。
3. 保留沟通记录：无论是以书面还是面谈方式与公司沟通，都应注意保留沟通记录，如聊天记录、通话录音等，作为后续维权的依据。

四、协商过程中的注意事项

1. 保持冷静和理性：在协商过程中，您应保持冷静和理性，避免情绪化地表达自己的诉求，以免影响协商效果。
2. 寻求共同点：尝试与公司寻找共同点，如双方都希望尽快解决工资问题，以维护良好的劳动关系。
3. 提出合理解决方案：如果公司表示有困难无法立即支付全部工资，您可以与公司协商提出一个合理的解决方案，如分期支付等。

五、后续行动

如果与公司协商无果，您可以考虑采取以下后续行动：

1. 向劳动监察部门投诉：向当地人力资源和社会保障局内的劳动监察部门投诉，提交投诉书和相关证据材料，要求劳动监察部门调查核实并责令公司限期支付工资。
2. 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门处理后问题仍未解决，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提供与单位存在劳动关系的证明、停工留薪期的证明、应得工资数额的计算依据等相关证据。
3. 向法院起诉：如果对劳动仲裁结果不服或公司不履行仲裁裁决，您可以向人民法院提起诉讼，提供更多详细的证据和法律依据以支持自己的主张。

在整个过程中，务必注意收集并保存好相关证据，以确保您的诉求得到有效支持。如果感到无法独立应对，也可以向法律援助机构寻求帮助，获得法律咨询、代理诉讼等服务。希望这些建议能对您有所帮助，祝您顺利解决问题！