上班迟到一分钟扣50元，这一做法通常是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律角度
工资扣除的合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 迟到一分钟扣50元，显然不属于因劳动者原因给用人单位造成经济损失的赔偿范畴，且该扣除金额很可能超过劳动者当月工资的20%，因此这一做法在法律上是不被允许的。
规章制度的合法性：
- 用人单位的规章制度应当合法、合理，且经过民主程序制定并公示。如果规章制度中规定了迟到一分钟扣50元的条款，但该条款违反了法律法规的强制性规定，或者未经民主程序制定、未公示，那么该条款是无效的。
- 即使规章制度中规定了此类条款，劳动者也有权拒绝执行，并可以向劳动监察部门投诉。
实际操作角度
罚款的合理性：
- 从实际操作的角度来看，迟到一分钟扣50元显然是不合理的。这种罚款方式过于严厉，且缺乏灵活性，容易引发劳动者的不满和抵触情绪。
- 合理的罚款方式应当考虑迟到的时长、频率以及给用人单位造成的实际影响等因素，而不是简单地采取“一刀切”的方式。
替代措施：
- 用人单位可以采取其他更为合理和有效的措施来管理员工的迟到行为，如设置迟到警告、扣减绩效分数、安排补班等。
- 这些措施既能够体现用人单位的管理权威，又能够保障劳动者的合法权益，实现双方的共赢。
建议与后果
对劳动者的建议：
- 如果你遇到了上班迟到一分钟被扣50元的情况，首先应当与用人单位进行沟通协商，要求其撤销不合理的罚款决定。
- 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求法律援助和保护。
对用人单位的后果：
- 如果用人单位坚持执行不合理的罚款制度，可能会面临劳动监察部门的处罚和劳动者的法律诉讼。
- 这不仅会给用人单位带来经济损失和声誉损害，还会影响其与劳动者之间的关系和团队的稳定性。
综上所述，上班迟到一分钟扣50元是不合法的。如果你遇到了类似的情况，不要害怕和妥协，应当积极维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。