结论：公司项目结束，员工不愿意转岗时是否有补偿，需根据具体情况判断，主要包括劳动合同是否有约定、公司是否合法解除劳动合同等因素。以下为详细分析：
一、劳动合同有约定的情况
若劳动合同中明确约定了项目结束后的转岗条款，且该条款合法有效：
- 员工不愿意转岗，可能被视为违反劳动合同约定。
- 在此情况下，公司若依据劳动合同约定合法解除劳动合同，通常无需支付经济补偿金。但需注意，公司解除劳动合同的程序必须合法，如提前通知、支付代通知金（如适用）等。
若劳动合同中未明确约定项目结束后的转岗条款，或约定不明确：
- 员工不愿意转岗，不能直接视为违反劳动合同。
- 公司若因此解除劳动合同，可能构成违法解除，需要支付经济赔偿金。经济赔偿金的标准通常为经济补偿金的两倍，经济补偿金根据员工在公司的工作年限和月工资计算。
二、公司合法解除劳动合同的情况
若公司能够证明员工不愿意转岗导致无法继续履行劳动合同，且公司已尽到合理调整岗位的义务：
- 公司可以依据《劳动合同法》的相关规定，合法解除劳动合同。
- 在此情况下，公司需支付经济补偿金，经济补偿金的标准根据员工在公司的工作年限和月工资计算。具体计算公式为：经济补偿金=工作年限×月工资（月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。
若公司未尽到合理调整岗位的义务，或解除劳动合同的程序不合法：
- 公司解除劳动合同可能构成违法解除。
- 员工有权要求公司支付经济赔偿金，即经济补偿金的两倍。
三、特殊情况下的补偿
若员工因不愿意转岗而主动提出辞职：
- 通常情况下，员工主动辞职无权获得经济补偿金。
- 但若员工能够证明公司存在违法行为（如未提供劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等），导致员工被迫辞职，员工仍有权获得经济补偿金。
若公司项目结束导致劳动合同无法继续履行，且双方无法就转岗达成一致：
- 公司可以依据《劳动合同法》的相关规定，与员工协商解除劳动合同。
- 在此情况下，公司需支付经济补偿金。若双方协商不成，公司也可以依法单方面解除劳动合同，但需支付经济补偿金或经济赔偿金（取决于解除程序的合法性）。
四、建议与注意事项
对于员工：
- 在面对公司提出的转岗要求时，应仔细审查劳动合同中的相关条款。
- 若不愿意转岗，应与公司进行充分沟通，了解公司的立场和依据。
- 若认为公司的解除行为违法，可以及时向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 在制定劳动合同和规章制度时，应明确项目结束后的转岗条款和程序。
- 在提出转岗要求时，应确保转岗的合理性和合法性，避免侵犯员工的合法权益。
- 若需解除劳动合同，应确保解除程序的合法性，避免支付不必要的经济赔偿金。
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