当部门撤销时，对于员工的处理是一个涉及法律权益和人文关怀的重要问题。以下是我为您详细梳理的处理流程和相关法律依据：
一、协商与沟通
首先，部门撤销后，用人单位应与员工进行充分的协商与沟通。虽然《人事争议处理规定》未对协商、调解的时效做出具体限制，但协商应尽早进行，以便员工有足够的时间考虑和做出决策。协商的内容可以包括员工的安置方案、经济补偿、离职时间等关键问题。
二、经济补偿
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，用人单位在裁员时，需要向员工支付经济补偿。经济补偿的标准是按照劳动者在本单位工作的年限来计算的，每满一年支付一个月工资的标准。如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，那么支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额来支付，但支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
三、安置方案
除了经济补偿外，用人单位还应为员工提供合理的安置方案。这可以包括：
内部转岗：如果公司有其他部门或岗位需要人员，且员工具备相应的能力和资质，可以考虑将员工转岗至其他部门或岗位。
外部推荐：用人单位可以与一些合作企业或人力资源机构建立联系，为员工提供外部就业机会的推荐。
培训提升：对于有潜力和意愿提升的员工，用人单位可以提供培训机会，帮助他们提升技能，增加就业竞争力。
四、法律程序
如果协商不成，员工可以向主管部门申请调解。调解不成的，员工还可以申请人事仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。但需要注意的是，申请仲裁或诉讼应在法定的时效内进行，以免错过维权的机会。
五、人文关怀
在处理部门撤销和员工安置的过程中，用人单位还应注重人文关怀。这包括及时与员工沟通、解答他们的疑问、提供必要的心理支持等。通过积极的人文关怀，可以减轻员工的焦虑和压力，帮助他们更好地面对职业转变。
综上所述，部门撤销时，用人单位应与员工进行充分的协商与沟通，提供合理的经济补偿和安置方案，并遵循法律程序处理争议。同时，注重人文关怀也是非常重要的。希望这些建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。