在签订多份合同并改变了中标合同实质性内容的情况下，确定哪份合同作为结算依据是一个复杂的问题，需要综合考虑多个因素。以下是我的分析：
结论前置：
一般情况下，如果多份合同之间存在实质性内容的改变，且这些改变影响了合同的结算条款，那么应当优先以最后签订且经过双方确认的合同作为结算依据。但这一原则并非绝对，还需考虑合同的具体内容、签订背景以及相关法律法规的规定。
分析说明：
合同效力原则：在合同法中，后签订的合同往往被视为对前合同的修改或补充。如果后合同对前合同的实质性内容进行了改变，并且双方均对此表示了同意，那么后合同在这些改变上通常具有优先效力。
中标合同特殊性：中标合同通常是在招投标过程中形成的，具有特定的法律意义。如果后续签订的合同对中标合同的实质性内容（如价格、质量、履行期限等）进行了改变，且这些改变未经过合法的招投标程序，那么这些改变可能因违反招投标法律法规而无效。在这种情况下，中标合同可能仍然具有优先效力。
双方意思表示：确定哪份合同作为结算依据时，还需考虑双方的真实意思表示。如果双方在后合同中明确约定了以某份特定合同作为结算依据，或者通过其他方式（如书面确认、电子邮件等）表达了这一意思，那么应当尊重双方的意思表示，以该份合同作为结算依据。
法律法规规定：在某些特定情况下，法律法规可能对合同的结算依据有明确规定。例如，在建设工程领域，相关法律法规可能规定必须以备案的中标合同作为结算依据。在这种情况下，应当优先遵守法律法规的规定。
综上所述，确定哪份合同作为结算依据需要综合考虑合同效力原则、中标合同特殊性、双方意思表示以及法律法规规定等多个因素。如果无法确定或者存在争议，建议双方通过协商或者诉讼等方式解决。如果你有具体的合同问题或者需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。