在养殖用地上建厂房是否构成违章建筑，关键在于是否遵循了法律规定的审批流程和保持了土地用途的一致性。以下是对此问题的详细分析：
一、合法建设的情况
取得相关审批手续：
- 若养殖用地建厂房已经按照当地土地管理和规划的要求，办理了农用地转用审批、乡村建设规划许可证等必要手续，并且这些手续均合法有效，那么所建厂房通常不属于违章建筑。
- 具体来说，需要向当地自然资源和规划部门以及农业农村部门提交养殖用地和建设厂房的申请，明确建设的用途（应与养殖生产直接相关，如饲料加工车间、养殖设备存放等）、规模、选址等详情，并获得用地批准。
符合规划要求：
- 养殖场的选址和建设应与当地的土地利用总体规划、畜牧业发展规划以及环境保护规划相一致。
- 确保选址在非禁养区、限养区，并且建筑的布局、规模等均应符合相关规定，这样建设的厂房才是合法的。
符合环保要求：
- 建设过程中应配套相应的污染防治设施，如粪便处理设施、污水处理设施等，确保养殖活动不会对周边环境造成污染，并达到环保部门制定的标准和要求。
二、可能构成违章建筑的情况
未经审批擅自建设：
- 若未向相关部门提出申请并获得批准，即在养殖用地上自行搭建厂房，将因违反土地管理和规划的规定而很可能被认定为违章建筑。
不符合规划要求：
- 在禁养区内建设养殖场，或虽在允许养殖的区域但超出了规划允许的用地范围、建筑高度等标准，均属违规行为，所建厂房可能被视为违章建筑。
改变土地用途：
- 养殖用地具有特定用途，若未经批准擅自将其用于与养殖生产无关的活动（如工业、商业等非养殖用途），则视为改变了土地原有用途，构成违法行为，所建厂房将被认定为违章建筑。
未办理或不全审批手续：
- 即使厂房建设初衷与养殖相关，但若未按规定办理用地审批及建设许可手续（包括但不限于农用地转用审批、建设工程规划许可证等），同样会被认定为违章建筑。
三、法律后果与建议
- 法律后果：一旦被认定为违章建筑，将面临责令限期拆除、罚款甚至更严厉的行政处罚。这不仅会导致经济损失，还可能影响养殖场的正常运营。
- 建议：
- 在养殖用地上进行任何建设活动前，务必深入了解并严格遵守相关法律法规及审批程序。
- 提前向相关部门进行备案和审批，确保养殖场的合法性，避免后续的法律风险。
- 在建设过程中，应合理利用土地资源，注重环境保护，确保养殖活动与自然环境的和谐共存。
综上所述，养殖用地建厂房是否构成违章建筑，取决于是否遵循了法律规定的审批流程和保持了土地用途的一致性。为避免法律风险和经济损失，建议在建设前充分准备，确保所有手续完备。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。