当遇到员工偷拿店里50元的情况时，这确实是一个需要严肃处理的问题，尽管金额不大，但性质严重，关乎店铺的管理秩序和员工的职业道德。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、确认事实并收集证据
首先，您需要迅速且谨慎地确认这一事实。可以通过查看店内的监控录像、检查收银记录、盘点现金等方式来获取确凿的证据。这些证据是后续处理的基础，必须确保证据的充分性和合法性，以维护店铺的合法权益。
二、根据情节轻重选择处理方式
内部沟通协商：
- 鉴于偷拿金额较小（50元），且如果是初犯，您可以考虑与员工进行内部沟通。在合适的场合下，以平和但严肃的态度指出其错误行为，要求其立即返还偷拿的钱款，并进行适当的教育和警告。这种方式既体现了对员工的尊重，也给予了其改正错误的机会。
按规章制度处理：
- 如果店铺有明确的规章制度对员工盗窃行为作出了规定，如纪律处分、经济处罚等，那么您可以按照规章制度对该员工进行处理。例如，可以扣除其部分工资作为经济处罚，或者取消其评优资格、降职等。但处理过程必须确保程序合法合规，避免侵犯员工的合法权益。
报警处理：
- 虽然偷拿50元可能尚未达到刑事立案的标准，但如果员工的行为性质恶劣，或者您希望借此机会对其他员工起到警示作用，也可以考虑报警。由公安机关介入处理，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》，盗窃公私财物的，将面临拘留和罚款等处罚。不过，在报警前，请务必权衡利弊，考虑报警可能对员工和店铺带来的影响。
三、民事责任与赔偿
无论选择哪种处理方式，员工都需要承担民事责任，即赔偿因偷窃行为给店铺造成的经济损失。您可以要求员工返还偷拿的50元，并如果因此产生了其他损失（如调查费用、时间成本等），也可以要求员工进行适当赔偿。
四、预防与管理措施
为了避免类似事件的再次发生，店铺应采取一系列预防和管理措施：
- 加强员工培训，提高员工的法律意识和职业道德水平，让员工明白偷窃行为的严重性和后果。
- 完善店铺的财务管理制度，确保资金的安全和透明，减少员工接触现金的机会。
- 加强店铺的安保措施，如安装更多的监控设备、加强巡逻等，提高店铺的防盗能力。
- 建立举报机制，鼓励员工积极举报违法违规行为，形成良好的内部监督氛围。
综上所述，处理员工偷拿店里50元的问题需要综合考虑法律、管理和预防等多个方面。店铺应首先确认事实并收集证据，然后根据情节的轻重选择合适的处理方式。同时，店铺还应加强预防和管理措施，以避免类似事件的再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。