公司发现员工盗窃50万元，属于重大刑事犯罪与严重违纪行为，应立即采取以下法律措施，分步骤处理并防范风险：

一、刑事报案：追究员工刑事责任

1. 法律依据
   根据《刑法》第264条，盗窃公私财物数额特别巨大（30万元至50万元以上）的，处10年以上有期徒刑或无期徒刑，并处罚金或没收财产。50万元已达“数额特别巨大”标准，员工可能面临严厉刑罚。

2. 操作步骤

   • 固定证据：立即封存涉案财物、监控录像、财务记录、员工签字文件等，确保证据链完整（如盗窃现场照片、转账记录、证人证言）。
     
   • 报案材料：向公安机关提交《刑事报案书》，附证据清单，明确指控员工涉嫌盗窃罪。
     
   • 配合调查：协助警方讯问员工、调取银行流水、追踪资金去向，必要时申请冻结员工资产以追赃。

3. 风险提示
   若员工否认犯罪或证据不足，可能影响立案。公司需提前委托律师协助梳理证据，确保符合刑事立案标准。

二、内部处理：解除劳动合同并追偿损失

1. 解除劳动合同

   • 依据：根据《劳动合同法》第39条，员工“被依法追究刑事责任”或“严重违反用人单位规章制度”的，公司可无偿解除劳动合同。
     
   • 操作：
     
     • 若员工已被刑事拘留或逮捕，公司可凭《拘留通知书》《逮捕通知书》直接解除合同；
       
     • 若尚未立案，需先通过内部调查（如审计、询问证人）证明员工存在重大违纪行为，再依据规章制度解除合同。
       
   • 注意：解除程序需符合公司《员工手册》规定（如提前通知工会、送达解除通知），否则可能构成违法解除，需支付赔偿金。

2. 追偿经济损失

   • 依据：根据《工资支付暂行规定》第16条，员工因故意或重大过失给公司造成损失的，公司可要求赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%。
     
   • 操作：
     
     • 向员工发送《赔偿通知书》，明确赔偿金额（50万元）及还款计划；
       
     • 若员工拒绝赔偿，可向法院提起民事诉讼，申请财产保全（如冻结其房产、车辆、银行账户）；
       
     • 若员工已服刑，可待其出狱后继续追偿，或通过刑事附带民事诉讼一并解决。

三、风险防范：完善公司制度与流程

1. 内部调查合规性

   • 调查需由法务或律师参与，避免侵犯员工隐私（如非法搜查、窃听）；
     
   • 询问证人时需制作笔录并签字，确保证据合法有效。

2. 财务管控强化

   • 立即审查财务流程漏洞（如审批权限、资金流向监控），防止类似事件再次发生；
     
   • 对涉案部门进行合规培训，明确“零容忍”政策。

3. 保险理赔（如有）

   • 若公司投保了“员工忠诚险”或“财产保险”，可向保险公司报案，按合同约定索赔。

四、特殊情形处理

1. 员工否认犯罪

   • 若员工主张“借款”或“误转”，公司需提供反证（如无借款合同、员工无还款行为）；
     
   • 可申请司法会计鉴定，证明资金流向与员工职务无关。

2. 员工已离职

   • 仍可报案追究刑事责任，但民事赔偿需在3年诉讼时效内提起（自知道权利受损之日起算）。

3. 员工无力赔偿

   • 可申请强制执行其财产（如房产、车辆、股权）；
     
   • 若员工无财产，可申请将其纳入失信被执行人名单，限制高消费。

总结：公司应优先通过刑事报案追究员工责任，同时启动内部解除合同程序并追偿损失，最后完善制度防范风险。具体操作需结合证据情况、公司制度及员工态度灵活调整，建议委托律师全程参与以确保合规。如有进一步问题，可直接向我咨询。