在耕地上建设大棚，要确保手续合法，主要需关注以下几个方面：
首先，要明确的是，基本农田上原则上可以建设易于恢复、不属于设施农业的蔬菜大棚。这类大棚通常结构简单，易于拆除且不会对土地造成长期损害，因此一般被视为合法。但需要注意的是，基本农田上不得建设属于设施农业的温室或看护房，这类设施往往涉及更复杂的结构和更长期的使用，可能对土地造成不可逆的损害。
接下来，对于建设大棚的具体手续，虽然全国没有统一的标准流程，但通常需要遵循以下步骤来确保合法性：
咨询当地土地管理部门：在建设大棚之前，最好先咨询当地土地管理部门或农业部门，了解当地对于耕地上建设大棚的具体规定和要求。这有助于确保你的建设行为符合地方政策，避免后续的法律纠纷。
办理备案或审批手续：根据当地规定，你可能需要办理相关的备案或审批手续。这通常包括提交建设大棚的申请书、土地使用证明、建设方案等材料，并经过相关部门的审核和批准。
确保建设符合规划：在建设大棚时，要确保其符合当地的土地利用规划和农业发展规划。这有助于保护土地资源，促进农业可持续发展。
注意面积限制：对于小仓库、小菜棚等农业辅助设施，虽然全国没有统一的标准，但一般建议控制在项目用地的3%至5%以内。而对于看护房，其面积标准则更为严格，通常南方地区小于等于15平方米，北方地区小于等于22.5平方米，严寒地区可放宽至小于等于30平方米。如果大棚面积较大（如大于等于两亩），看护房经过批准后可达到小于等于40平方米。
避免破坏耕作层：在建设大棚时，要注意保护土地的耕作层，避免进行地面硬化等破坏性行为。这有助于保持土地的肥力和生产能力，确保农业生产的可持续性。
随时准备复垦：建设大棚后，要确保在需要时能够随时进行复垦，恢复土地的原状和用途。这有助于保护土地资源，避免土地闲置和浪费。
概括起来，要在耕地上合法建设大棚，需要咨询当地土地管理部门、办理相关手续、确保建设符合规划、注意面积限制、避免破坏耕作层，并随时准备复垦。遵循这些原则和建议，可以帮助你确保建设行为的合法性，并促进农业生产的可持续发展。