当美甲师在拿了保底工资的第二个月就提出离职时，这确实可能给雇主带来一些困扰。为了妥善处理这种情况，以下是一些建议：

首先，与美甲师进行深入沟通是关键。了解她提出离职的具体原因，是因为个人发展、工作环境、薪资待遇还是其他因素。通过沟通，你可以更好地理解她的需求，并探讨是否有解决的可能性，比如调整工作内容、提供培训机会或改善工作环境等。

如果美甲师坚持离职，那么按照公司规定处理离职手续是必要的。这包括让她提交正式的辞职信，明确离职日期，并商量如何合理地将工作移交给其他同事或新员工。确保整个离职过程符合公司政策和法律法规，避免任何潜在的纠纷。

在美甲师离职后，评估对业务的影响也很重要。如果她的离职会对业务造成较大影响，你可能需要尽快找到替代人选，或者调整其他美甲师的工作安排以填补空缺。同时，也可以考虑是否需要对招聘流程、员工培训或薪酬福利等方面进行改进，以减少类似情况的发生。

此外，保持与离职美甲师的良好关系也是明智之举。虽然她选择了离开，但未来可能还有合作的机会。而且，在行业内保持良好的口碑和人际关系，对于公司的长期发展也是有益的。

最后，从这次离职中吸取教训。分析美甲师离职的原因，反思公司在员工管理、薪酬福利、工作环境等方面是否存在不足。通过不断改进和优化，提高员工的满意度和忠诚度，从而降低员工流失率。

总之，面对美甲师的离职，我们应该以积极、理性的态度去处理。通过深入沟通、按照规定处理离职手续、评估业务影响、保持良好关系以及吸取教训等措施，我们可以更好地应对这种情况，并确保公司的业务不受太大影响。