在行政诉讼中，法院判决确认行政行为违法但不撤销的情形主要包括以下几种：
行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害：
- 这种情形通常涉及国家层面的重要利益或社会公共层面的关键利益，撤销该行政行为可能会引发连锁反应，导致更大的损失。因此，法院会选择确认其违法而保留其效力。
行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响：
- 当行政行为仅在程序上存在细微瑕疵，且这种程序违法并未对原告的实体权利造成实质性损害时，法院会认为无需撤销整个行政行为，而是选择确认其违法，以体现对行政违法行为的监督与纠正。
行政行为违法，但不具有可撤销内容：
- 这主要指行政行为已经执行完毕，且执行结果是一次性的、不可逆转的。由于此时已不存在可以撤销的具体对象或标的，法院只能判决确认该行政行为违法。
这些情形的存在，体现了法院在维护法律尊严与权威的同时，也兼顾了实际情况和社会稳定的考量。如果你有相关法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会为你提供专业的法律帮助。