面对因自身疾病不能胜任工作的情况，您可以从以下几个方面来妥善处理：

一、及时就医与获取诊断证明

首先，身体出现不适时，应立即前往正规医疗机构进行检查和治疗。这不仅是为了您的个人健康着想，也是后续处理工作相关事宜的重要依据。请确保获取详细的诊断证明，其中应包含您的基本信息、疾病名称、建议休息时长等内容，这是申请病假或调整工作岗位的必备材料。

二、与用人单位沟通并申请调整

1. 及时沟通：在确诊后，应尽快与您的上级领导或人力资源部门沟通，详细说明您的病情及对工作的影响。
2. 申请调整岗位：根据您的身体状况，您可以申请调整到一个更适合您当前健康状况的工作岗位或工作内容。如果用人单位同意调整，双方应明确新岗位的工作职责、薪资待遇等细节，并最好签订书面协议以避免后续纠纷。

三、了解并享受法定医疗期待遇

根据相关法律法规，企业职工因患病或非因工负伤，享有一定期限的医疗期。在此期间，用人单位应按规定支付病假工资或疾病救济费，且不得随意解除劳动合同。请确保您了解并享受这一法定权益：

• 医疗期的具体时长可能因地区和单位规定而异，但通常为3个月至24个月不等。
• 病假工资或疾病救济费的标准可以低于当地最低工资，但不得低于最低工资标准的80%。

四、关注健康恢复与返岗准备

1. 积极治疗：遵循医生的建议和治疗方案，争取早日康复。
2. 提前沟通返岗：在预计返岗时间前，与上级领导沟通，了解工作安排和单位近期的工作重点，做好心理和工作上的准备。
3. 办理返岗手续：按照单位要求，可能需要提交康复证明等材料办理返岗手续。恢复工作后，应合理安排工作节奏，避免过度劳累。

五、维护自身合法权益

1. 了解劳动合同及公司规定：仔细查阅您的劳动合同及公司规章制度，了解其中关于病假、医疗期、休假及解除劳动合同等相关条款，确保自身权益不受侵害。
2. 申请劳动能力鉴定（如需要）：如果您的病情严重，可能影响未来的工作能力，您可以考虑申请劳动能力鉴定，以确定是否构成伤残，并据此享受相应的工伤待遇或残疾赔偿。
3. 处理劳动纠纷：如果与用人单位在病假、医疗期或岗位调整等方面发生纠纷，您可以通过与单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。

六、考虑长远规划

如果您的疾病可能长期影响您的工作能力，您可能需要考虑更长远的工作规划或职业转型。这可能包括学习新技能、寻找更适合您健康状况的工作岗位或行业等。

总之，面对因疾病不能胜任工作的情况，您应及时就医、与用人单位沟通、了解并享受法定权益、关注健康恢复与返岗准备，并维护自身合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。