结论前置：两年的劳动合同约定3个月试用期是不合法的。
法律依据与详细解释
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限与试用期的对应关系如下：
- 劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；
- 劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；
- 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
对于您提出的“两年合同试用期三个月”的情况，显然超出了法律规定的“一年以上不满三年，试用期不得超过二个月”的上限，因此这种约定是不合法的。
违法约定的后果与劳动者权益保护
如果用人单位与劳动者在劳动合同中约定了超出法定时长的试用期，劳动者有权采取以下措施来维护自己的合法权益：
协商纠正：
- 劳动者可以与用人单位进行协商，要求其按照法律规定调整试用期的时长。这是最直接且和平的解决方式，有助于维护双方的良好关系。
投诉与仲裁：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并责令其改正；而劳动仲裁则是一种更为正式的争议解决方式，其裁决具有法律效力。
赔偿金请求：
- 如果违法约定的试用期已经履行，劳动者还有权要求用人单位支付赔偿金。赔偿金的计算方式为：以劳动者试用期满月工资为标准，按已经履行的超过法定试用期的期间向劳动者支付。例如，若劳动者试用期月工资为8千元，转正后月工资为1万元，且单位违法约定的3个月试用期已全部履行，那么用人单位应向劳动者支付相当于1个月转正工资的赔偿金，即1万元。
实际操作建议
- 在签订劳动合同时：劳动者应仔细阅读合同条款，特别是关于试用期的约定，确保其符合法律规定。如果发现用人单位约定的试用期超出法定时长，应及时提出异议并要求修改。
- 在试用期内：劳动者应保留好相关证据，如工资条、工作记录等，以备不时之需。如果用人单位在试用期内存在违法行为，如拖欠工资、未缴纳社保等，劳动者可以依法维权。
- 在试用期结束后：如果劳动者发现用人单位在试用期内存在违法行为，且该行为已经对自己造成了损失，仍然可以依法向用人单位主张赔偿。
总之，试用期的长短并非劳资双方可以自由约定的内容，而是由法律明确规定并严格限制的。在签订劳动合同时，双方都应严格遵守相关法律法规，确保试用期的约定合法合规。如果您在劳动过程中遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。