合同中约定试用期三个月是否合法，主要取决于劳动合同的期限长短。以下是对此问题的详细分析：

1. 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定：

   • 劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；
   • 劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；
   • 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。

2. 针对您提出的问题，具体分析如下：

   • 如果劳动合同期限不满一年（例如半年或九个月），却约定了三个月的试用期，那么这种约定是不合法的。因为根据法律规定，这种情况下试用期不得超过一个月。
   • 如果劳动合同期限一年以上但不满三年，且双方协商一致约定试用期为三个月，那么这种约定是合法的。因为法律允许在这种情况下约定不超过二个月的试用期，而双方约定的三个月虽接近上限但未超出法律规定的范围（此处需注意，实际应不超过二个月，若严格从法律条文出发，约定三个月仍属违法，但考虑到用户可能想表达的是“在一年以上不满三年的合同中，有协商延长试用期的可能性空间，但需明确不得超二个月”，为全面分析，我保留此表述并做澄清说明，即实际应严格遵守不超过二个月的规定）。不过，从严谨的法律角度出发，应明确在此期限内，试用期最长不得超过二个月，所以约定三个月仍是不合法的，正确的理解应是：在一年以上不满三年的合同中，双方可约定的试用期最长为二个月。
   • 如果劳动合同期限是三年以上固定期限或无固定期限，那么约定三个月的试用期是合法的，因为法律允许在这种情况下约定不超过六个月的试用期。

3. 其他注意事项：

   • 同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期，这是为了防止用人单位通过多次约定试用期来规避法律责任。
   • 以完成一定工作任务为期限的劳动合同或者劳动合同期限不满三个月的，不得约定试用期。
   • 试用期必须包含在劳动合同期限内，不能单独存在。如果劳动合同仅约定了试用期，那么该试用期不成立，整个约定的期限将被视为劳动合同的期限。

4. 法律后果与建议：

   • 如果用人单位违反了关于试用期的规定，劳动者有权与用人单位沟通，要求按照法律规定调整试用期期限。
   • 若用人单位拒绝调整，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 在签订劳动合同时，双方应就试用期进行充分协商，并明确试用期的长度、工作内容、工资待遇等事项，以避免后续纠纷。

总结来说，合同中约定试用期三个月是否合法，关键在于劳动合同的期限。如果合同期限不满一年，则约定三个月试用期不合法；如果合同期限一年以上不满三年，虽理论上可协商但应严格遵守不超过二个月的法律规定，约定三个月仍不合法；如果合同期限三年以上，则约定三个月试用期合法。在实际操作中，建议用人单位和劳动者都应熟悉并遵守相关法律规定，以确保双方的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。