结论：将月薪中单独把周六的上班工资扣出来计算加班费是否合法，需根据具体情况判断。若用人单位在周六安排员工加班且无法安排补休时，按照法律规定支付了不低于工资200%的加班费，则是合法的；若未依法支付加班费或支付的加班费低于法定标准，则是不合法的。
合法情形分析
依法支付加班费：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日（即周六、周日）安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 计算公式：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 × 加班小时数 × 200%。
- 举例：假设员工月工资为5000元，在某周六加班8小时，且无法安排补休，则其加班工资应为：5000 ÷ 21.75 ÷ 8 × 8 × 200% ≈ 459.77元。若用人单位按照此标准支付了加班费，则是合法的。
安排补休：
- 若用人单位在周六安排员工加班后，能够为员工安排补休，则无需支付加班费，这也是合法的。
违法情形分析
未支付加班费：
- 若用人单位在周六安排员工加班且无法安排补休，但未支付任何加班费，则属于违法行为。
加班费低于法定标准：
- 若用人单位支付的加班费低于法定标准（即低于工资的200%），如只支付150%的工资，则也是不合法的。
注意事项与建议
- 加班工资计算基数：应按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定；无约定时，按集体合同或劳动者正常劳动应得工资确定。
- 维权途径：若用人单位未依法支付加班费，劳动者可通过劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等途径维护自身合法权益。
- 保留证据：劳动者在维权过程中，应保留好加班记录、工资条等证据，以便证明用人单位的违法行为。
总结：将月薪中单独把周六的上班工资扣出来计算加班费是否合法，关键在于用人单位是否依法支付了加班费或安排了补休。若用人单位能够按照法律规定执行，则是合法的；否则，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。