公司发现员工学历造假后，仍需支付员工实际工作期间的工资，但员工可能需承担因学历造假给公司造成的损失或违反服务期约定的责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、工资支付原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《中华人民共和国劳动合同法》第二十八条，只要劳动者为用人单位提供了劳动，无论劳动合同是否有效或后续是否被解除，用人单位都应支付相应的劳动报酬。劳动报酬的数额可参照本单位相同或相近岗位劳动者的报酬确定。这意味着，即使员工学历造假，只要其实际为公司提供了劳动，公司就有义务支付其工资。
二、特殊情况处理
经济损失赔偿：
- 若员工的学历造假行为给公司造成了经济损失，公司有权依据《工资支付暂行规定》第十六条从员工工资中扣除赔偿金额。但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 举例：假设员工因学历造假导致公司项目失败，造成经济损失1万元，而员工当月工资为5000元，则公司最多只能从员工工资中扣除1000元作为赔偿，且需确保员工剩余工资不低于当地最低工资标准。
服务期违约金：
- 如公司与员工在劳动合同或其他协议中约定了服务期，并提供了专项培训费用等，员工因学历造假违反服务期约定时，需按约定支付违约金。该违约金可从工资中扣除，但同样需遵守上述关于工资扣除的限制。
三、公司不支付工资的应对措施
若公司发现员工学历造假后拒绝支付工资，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
协商：
- 首先尝试与公司友好协商，明确指出公司应依法支付工资，并保留好协商记录，如邮件、聊天记录等。
投诉与仲裁：
- 若协商无果，员工可向劳动行政部门投诉举报，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，员工需提供工作记录、考勤记录、工资条等证据以证明自己的工作情况和应得工资。
诉讼：
- 对仲裁结果不满意时，员工可在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护权益。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 学历造假不仅可能导致劳动合同无效、解除劳动合同，还可能使员工面临赔偿经济损失或支付违约金的法律责任。在极端情况下，如伪造国家机关公文、证件等，还可能构成犯罪，需承担刑事责任。
建议：
- 对于员工而言，应诚实守信地提供个人信息，避免学历造假等不当行为。若已因学历造假面临法律纠纷，应积极与公司协商解决，或寻求法律援助以维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在招聘过程中应加强学历审核，避免潜在的法律风险。在处理学历造假问题时，应遵守法律法规，不得无故克扣或拖欠工资，并通过合法途径解决争议。
综上所述，公司发现员工学历造假后仍需支付其实际工作期间的工资，但员工可能需承担因学历造假给公司造成的损失或违反服务期约定的责任。若双方存在争议，应通过合法途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。