结论：事业单位工作人员被采取强制措施多年后才发现未扣工资的情况，是否要处分当事人，需结合具体情况判断，包括是否违反单位规章制度、是否造成损失以及单位的管理规定等。以下从不同角度进行分析：
一、从单位规章制度的角度
规章制度的内容：
- 事业单位通常会有明确的规章制度，规定员工在被采取强制措施（如拘留、逮捕等）期间，工资的处理方式。这些规定可能包括暂停发放工资、扣发部分工资或全额扣发等。
规章制度的执行：
- 如果单位规章制度明确规定了被采取强制措施期间应扣发工资，而实际上未扣发，且这一行为违反了单位的财务管理或人事管理规定，那么单位有权根据规章制度对当事人进行处分。
- 处分的种类可能包括警告、记过、降级、撤职、开除等，具体取决于违规的严重程度和单位的规定。
二、从造成损失的角度
经济损失：
- 如果未扣发工资给单位造成了经济损失（如多支付了工资、福利等），单位有权要求当事人退还多支付的款项，并可能根据损失情况对当事人进行处分。
声誉损失：
- 如果未扣发工资的行为被公开或曝光，可能对单位的声誉造成负面影响。在这种情况下，单位也可能考虑对当事人进行处分，以维护单位的形象和声誉。
三、从单位管理规定的角度
管理规定的灵活性：
- 不同的事业单位可能有不同的管理规定和灵活性。有些单位可能更注重员工的实际表现和贡献，而不太关注过去的违规行为（尤其是如果违规行为并未造成严重后果）。
- 在这种情况下，单位可能选择不对当事人进行处分，而是通过其他方式（如谈话、警告等）提醒当事人注意遵守规章制度。
管理规定的执行力度：
- 即使单位有明确的管理规定，其执行力度也可能因单位而异。有些单位可能严格执行规定，对任何违规行为都进行处分；而有些单位则可能更加宽容，只在违规行为严重或造成严重后果时才进行处分。
四、法律建议
审查规章制度：
- 建议当事人首先审查单位的规章制度，了解被采取强制措施期间工资的处理方式以及违规行为的处分规定。
与单位沟通：
- 如果当事人认为未扣发工资的行为并未违反单位规章制度或未造成损失，可以与单位进行沟通，说明情况并寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 如果当事人对单位的处分决定有异议或认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径。
进一步思考：在处理此类问题时，单位应综合考虑多种因素，包括违规行为的性质、后果、当事人的态度以及单位的管理规定等。同时，当事人也应积极配合单位的调查和处理工作，如实说明情况并承担相应的责任。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。