结论：单位克扣员工伙食费超过两万是否可以立案，需结合具体情况判断，但一般而言，若该行为构成违法克扣工资或侵犯员工合法权益，员工有权向相关部门投诉或提起诉讼，相关部门在受理后会根据具体情况决定是否立案。

分析说明：

1. 克扣伙食费的性质：

   • 伙食费若作为员工工资的一部分或福利待遇，单位无故克扣则可能构成违法克扣工资。根据《劳动法》及相关规定，用人单位不得无故克扣劳动者工资。
   • 若伙食费是单位提供的额外福利，而非工资组成部分，单位克扣可能构成对员工福利待遇的侵犯，员工同样有权维护自身权益。

2. 立案的条件：

   • 立案通常指的是公安机关、人民检察院或人民法院对报案、控告、举报或自诉人起诉等材料进行审查后，认为有犯罪事实需要追究刑事责任时，决定作为刑事案件进行侦查或审判的一种诉讼活动。在劳动纠纷中，一般不涉及刑事立案，而是通过劳动仲裁或民事诉讼解决。
   • 对于单位克扣员工伙食费的行为，员工可以先向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门进行调查处理。若劳动监察部门认为存在违法行为，可能会对单位进行行政处罚，并责令单位补发克扣的伙食费。
   • 若员工对劳动监察部门的处理结果不满，或单位拒绝执行劳动监察部门的决定，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

3. 金额的影响：

   • 克扣伙食费的金额大小，虽然不是决定是否立案的唯一因素，但可能影响案件的严重程度和处罚力度。金额较大时，可能表明单位存在恶意克扣或严重违反劳动法规的行为，从而增加立案或处罚的可能性。
   • 然而，无论金额大小，只要单位存在违法克扣工资或侵犯员工合法权益的行为，员工都有权维护自身权益，相关部门也应依法进行处理。

法律建议：

• 收集证据：员工应保留好与单位签订的劳动合同、工资条、伙食费发放记录等相关证据，以便在投诉或诉讼时证明单位存在克扣行为。
• 及时投诉：发现单位克扣伙食费后，员工应及时向劳动监察部门投诉，并配合调查工作。
• 寻求法律援助：若员工对法律程序不熟悉或需要专业法律帮助，可以寻求律师或法律援助机构的协助。

后续行动：

• 若员工决定投诉或提起诉讼，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
• 在整个过程中，员工应保持冷静和理性，依法维护自身权益，避免采取过激行为。