克扣工资5000元以下，劳动者可以通过劳动监察投诉和劳动仲裁途径立案并寻求解决，但通常无法达到拒不支付劳动报酬罪的刑事立案标准。以下从不同角度为您详细分析：
一、劳动监察投诉
是否立案：
- 可以立案。劳动监察部门对于拖欠工资的投诉，没有严格的金额限制。只要劳动者能提供与用人单位存在劳动关系及拖欠工资的相关证据（如劳动合同、工资条、考勤记录、同事证言等），劳动监察部门就会受理并进行调查处理。
法律依据：
- 根据《劳动保障监察条例》第十一条，劳动保障行政部门对用人单位支付劳动者工资和执行最低工资标准的情况实施劳动保障监察。
二、劳动仲裁
是否立案：
- 可以立案。劳动仲裁委员会对于劳动争议案件的受理，不单纯以拖欠工资的数额作为立案标准，而是重点考察是否存在劳动关系以及劳动争议相关事实。只要符合劳动仲裁的受理条件（如申请人与本案有直接利害关系、有明确的被申请人、有具体的仲裁请求和事实理由等），仲裁委员会就会立案受理。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因劳动报酬等发生的争议适用本法。
三、刑事立案（拒不支付劳动报酬罪）
是否立案：
- 通常不能立案。拒不支付劳动报酬罪的立案标准较高，一般需要满足以下条件：用人单位以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬，或者有能力支付而不支付；拒不支付一名劳动者三个月以上的劳动报酬且数额在五千元至二万元以上（具体数额标准可能因地区而异）；政府有关部门责令支付仍不支付。因此，仅克扣工资5000元，通常难以达到这一刑事立案标准。
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理拒不支付劳动报酬刑事案件适用法律若干问题的解释》第三条，拒不支付一名劳动者三个月以上的劳动报酬且数额在五千元至二万元以上的，或者拒不支付十名以上劳动者的劳动报酬且数额累计在三万元至十万元以上的，应当认定为刑法第二百七十六条之一第一款规定的“数额较大”。
四、劳动者维权建议
收集证据：
- 劳动者在维权过程中应妥善保留所有相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、同事证言等，以便更好地维护自己的合法权益。
向劳动行政部门投诉：
- 劳动者应首先向所在地的劳动行政部门进行投诉，并提交相关证据材料。劳动行政部门会开展调查，核实拖欠工资情况。如果属实，会责令用人单位限期支付劳动报酬。
劳动仲裁申请：
- 若劳动行政部门处理未果，或劳动者希望直接通过法律途径解决，可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法进行审理，并作出裁决。
逾期不支付的后续处理：
- 若用人单位在规定期限内仍未支付，劳动者可以依据仲裁裁决向法院申请强制执行。同时，劳动行政部门也可能会将案件移送至公安机关，但需注意，这并不意味着一定会触发刑事立案，而是依据具体情况进行后续处理。
综上所述，克扣工资5000元虽然通常无法达到拒不支付劳动报酬罪的刑事立案标准，但劳动者完全可以通过劳动监察投诉和劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。在维权过程中，保留好相关证据并了解清楚立案程序是至关重要的。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。