结论：在员工仲裁加班费的案件中，用人单位一般不可以直接反申请追究员工迟到早退的扣款，但可以在仲裁过程中提出抗辩或另行提起仲裁申请。

详细分析：

1. 仲裁程序的独立性：

   • 劳动仲裁是一个独立的法律程序，其目的在于解决特定的劳动争议。在员工提起仲裁加班费的案件中，仲裁庭的焦点是审查加班费是否应支付以及支付的金额。
   • 用人单位不能直接在员工提起的加班费仲裁案件中反申请追究员工的迟到早退扣款，因为这涉及两个不同的法律事实和争议点，不符合仲裁程序的独立性原则。

2. 抗辩权的行使：

   • 虽然用人单位不能直接反申请，但可以在仲裁过程中提出抗辩，主张员工存在迟到早退等违反公司规章制度的行为，并据此主张不应支付全部或部分加班费，或者要求员工承担相应的违约责任（如果合同或规章制度中有明确规定）。
   • 抗辩权的行使需要用人单位提供充分的证据来证明员工的违规行为以及因此造成的损失或影响。

3. 另行提起仲裁申请：

   • 如果用人单位认为员工确实存在迟到早退等违规行为，并希望追究其扣款责任，可以另行向劳动仲裁委员会提起仲裁申请。
   • 在另行提起的仲裁申请中，用人单位需要明确仲裁请求、事实和理由，并提供相关证据来支持其主张。

4. 法律后果与建议：

   • 如果用人单位未经仲裁程序直接扣除员工工资作为迟到早退的罚款，可能面临违法扣除工资的法律风险，员工有权要求用人单位返还被扣除的工资，并可能获得相应的赔偿。
   • 建议用人单位在处理此类争议时，先尝试与员工进行协商解决，以维护和谐的劳动关系。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决争议。
   • 同时，用人单位应完善公司的规章制度和劳动合同条款，明确迟到早退等违规行为的处理方式和责任承担，以便在发生争议时有据可依。

举例说明： 假设员工A向劳动仲裁委员会提起仲裁申请，要求用人单位支付加班费。在仲裁过程中，用人单位B提出抗辩，主张员工A存在多次迟到早退的行为，违反了公司的规章制度，因此不应支付全部加班费。仲裁庭将审查双方提供的证据和事实，并根据相关法律法规作出裁决。如果用人单位B认为员工A的迟到早退行为确实造成了损失或影响，且合同或规章制度中有明确规定，可以在裁决后另行提起仲裁申请要求员工A承担相应的责任。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。