关于公司以法定代表人、员工及第三人损害公司利益为由起诉时管辖法院的确定问题，结论如下：

1. 一般原则：被告住所地或侵权行为地法院管辖

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十九条的规定：“因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。”在公司以法定代表人、员工及第三人损害公司利益为由提起的诉讼中，这通常被视为一种侵权行为诉讼。因此，原告可以选择向被告住所地（即法定代表人、员工或第三人的住所地）或者侵权行为地（即损害公司利益的行为发生地或结果发生地）的人民法院提起诉讼。

1. 特殊情形：公司住所地法院的考量

   • 在某些特定情况下，如果损害公司利益的行为与公司住所地有密切联系，或者公司住所地是侵权行为的主要发生地或结果地，公司住所地法院也可能成为有管辖权的法院。这主要取决于具体案情和法院对“侵权行为地”的宽泛解释。
   • 另外，如果公司章程或相关协议中有特别约定管辖法院，且该约定不违反法律强制性规定，那么双方应按照约定来确定管辖法院。

2. 实务建议：

   • 明确被告和侵权行为地：在提起诉讼前，公司应明确所有被告的身份信息以及侵权行为的具体发生地和结果地，以便选择合适的管辖法院。
   • 考虑诉讼效率和成本：选择管辖法院时，公司还应考虑诉讼的效率和成本。例如，如果被告住所地与公司住所地相距甚远，选择公司住所地法院可能更有利于公司参与诉讼和降低诉讼成本。
   • 咨询专业律师：由于管辖法院的确定可能涉及复杂的法律问题和地域因素，建议公司在提起诉讼前咨询专业律师，以确保选择正确的管辖法院并有效维护自身权益。

举例说明：

假设某公司位于A市，其法定代表人、一名员工和一名第三人在B市共同实施了损害公司利益的行为。在此情况下，公司可以选择向B市（侵权行为地）或法定代表人、员工、第三人的住所地（如果它们不在B市）的人民法院提起诉讼。如果公司章程或相关协议中有特别约定管辖法院为A市法院，且该约定合法有效，那么公司也可以选择向A市法院提起诉讼。

总结：公司以法定代表人、员工及第三人损害公司利益为由起诉时，管辖法院的确定主要依据被告住所地或侵权行为地原则，同时需考虑公司住所地、公司章程或相关协议的特别约定以及诉讼效率和成本等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。