当法定代表人起诉自己的公司时，确定被告公司的诉讼代表人是一个需要谨慎处理的问题。以下是根据相关法律和实务操作给出的详细解答：

首先，我们要明确的是，在法定代表人起诉公司的情况下，由于法定代表人本身与公司存在直接的利害关系，因此他/她不能同时作为公司的诉讼代表人。那么，如何确定公司的诉讼代表人呢？

1. 公司章程的规定：

   • 如果公司章程中对诉讼代表人的选取有明确的规定，那么应当按照章程的规定来确定诉讼代表人。这是最直接且最具有法律效力的方式。

2. 公司内部治理结构的考虑：

   • 如果公司章程没有相关规定，那么可以考虑由公司的其他高级管理人员，如董事长（如果非法定代表人）、执行董事、经理等担任诉讼代表人。
   • 在实际操作中，如果公司有董事会且董事会能够正常运作，那么可以优先考虑由董事会来选定诉讼代表人。
   • 如果公司没有董事会或者董事会无法正常运作，那么可以由公司的监事或者股东来担任诉讼代表人。

3. 法院的指定：

   • 如果公司内部无法就诉讼代表人的选定达成一致，或者选定的诉讼代表人无法有效履行职责，那么法院有权根据具体情况指定公司的诉讼代表人。
   • 法院在指定诉讼代表人时，会综合考虑公司的实际情况、各方利益以及诉讼的顺利进行等因素。

4. 特殊情形的处理：

   • 如果公司处于停止营业状态或者公司相关人员均无从查找，那么法院可能会通过公告送达的方式来进行诉讼，并在公告期满后缺席审理。
   • 如果公司内部出现法定代表人与公司公章分离的情况，那么应当由持有公司公章的一方作为诉讼代表人参与诉讼，但这也需要法院根据具体情况来判断。

综上所述，确定被告公司的诉讼代表人需要综合考虑公司章程的规定、公司内部治理结构、法院的指定以及特殊情形的处理等因素。在实际操作中，如果无法就诉讼代表人的选定达成一致或者存在争议，建议及时咨询专业律师或者向法院申请指定诉讼代表人，以确保诉讼的顺利进行。