当公司法定代表人不能行使职权时，起诉公司案件的处理方式需结合具体情况分析，以下是核心结论及展开说明：

1. 明确法定代表人无法行使职权的原因
   若法定代表人因离职、被解职、丧失民事行为能力（如重病、失踪）或被刑事羁押等原因无法履职，需先通过公司内部程序或法律途径确认其职权状态。例如：

   • 内部程序：公司章程或股东会/董事会决议可指定临时负责人（如副董事长、执行董事）代行职权；
     
   • 法律途径：若内部程序无法推进（如公司陷入僵局），可向法院申请指定临时管理人或直接起诉公司，由法院根据案件需要指定诉讼代表人。

2. 起诉时如何确定诉讼代表人
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，起诉公司需明确诉讼代表人。若法定代表人无法履职，可按以下顺序处理：

   • 公司章程有约定：优先按章程指定其他高管（如总经理、财务负责人）作为诉讼代表人；
     
   • 无约定或约定不明：由持有公司10%以上股权的股东共同推选一名代表；若推选不成，法院可与股东协商确定；协商不成则直接指定一名股东作为代表；
     
   • 特殊情形：若公司被吊销营业执照但未清算，可由清算组负责人或主要债权人作为代表；若公司已进入破产程序，则由管理人代表。

3. 实务操作建议

   • 证据准备：需提供法定代表人无法履职的证明（如医院诊断书、刑事拘留通知书、公司决议等），以及公司内部关于诉讼代表人的指定文件；
     
   • 程序衔接：若公司内部未及时指定代表人，可在起诉时一并申请法院指定，避免因程序瑕疵被驳回；
     
   • 风险防范：若对方公司可能利用法定代表人缺位拖延诉讼，可同步申请财产保全，确保执行利益。

总结：法定代表人无法履职时，起诉公司需通过内部程序或法律途径确定诉讼代表人，核心是证明“法定代表人缺位”及“代表人合法性”。若遇到复杂情形（如公司僵局、股权争议），建议结合具体证据进一步分析，可直接向我咨询细节。