结论前置：甲乙双方签了书面劳务协议且已经实际履行了两个月，在一般情况下是可以确定双方存在劳动关系的，但具体还需结合协议内容及实际履行情况来判断。
劳动关系确立的法律依据与判断标准
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动关系的确立通常基于以下几个要素：
双方主体资格：用人单位和劳动者需具备相应的主体资格，即用人单位需是依法成立的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织，劳动者需是达到法定年龄、具有劳动能力的自然人。
书面协议：虽然书面劳动合同是确立劳动关系的重要证据，但并非唯一标准。即使双方签订的是“劳务协议”，只要协议内容符合劳动合同的特征，如约定了工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等，且双方实际按照这些约定履行，那么该协议实质上就是劳动合同，可以确立劳动关系。
实际履行情况：劳动关系的确立不仅要看书面协议，还要看双方的实际履行情况。如果双方已经按照协议约定实际履行了两个月，且劳动者接受了用人单位的管理和指挥，从事了用人单位安排的工作，那么这进一步证明了双方存在劳动关系。
特殊情况分析
尽管在大多数情况下，签订书面协议并实际履行可以确立劳动关系，但也存在一些特殊情况需要注意：
协议内容不符合劳动合同特征：如果双方签订的“劳务协议”内容过于简单，没有约定工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等关键条款，或者约定了这些条款但双方并未实际履行，那么该协议可能无法确立劳动关系。
存在其他法律关系：在某些情况下，双方可能存在其他法律关系，如承揽关系、委托关系等。这些关系与劳动关系在法律特征上存在显著差异，因此需要根据具体情况进行判断。
法律建议
审查协议内容：建议甲乙双方仔细审查书面协议的内容，确保协议符合劳动合同的特征，并明确约定了双方的权利和义务。
保留实际履行证据：双方应保留好实际履行的证据，如工作记录、工资支付记录、考勤记录等，以备不时之需。
及时咨询专业律师：如果双方对劳动关系的确立存在争议，或者协议内容存在模糊之处，建议及时咨询专业律师，以便得到更准确的法律意见和帮助。
总结来说，甲乙双方签了书面劳务协议且已经实际履行了两个月，在一般情况下是可以确定双方存在劳动关系的。但为了确保权益得到保障，双方应仔细审查协议内容并保留好实际履行的证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。