结论：公司有专门吸烟室的情况下，在公共区域吸烟的员工是否可以开除不能一概而论，需分情况讨论。
- 若公司规章制度明确规定禁止在公共区域吸烟且将此行为列为严重违反规章制度，同时该规章制度制定程序合法并已告知员工：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。在这种情况下，公司有合理合法的依据开除在公共区域吸烟的员工。例如，公司通过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定该规章制度，并且组织员工进行学习，让员工知晓在公共区域吸烟属于严重违纪行为。当员工依然在公共区域吸烟时，公司就可以依据此规定解除劳动合同。
- 若公司规章制度虽有规定禁止在公共区域吸烟，但未将此行为明确列为严重违反规章制度，或者规章制度制定程序不合法，亦或未告知员工：
- 公司不能直接开除员工。因为规章制度要作为解除劳动合同的依据，必须满足内容合法、程序合法以及已向劳动者公示这三个条件。如果规章制度存在上述不合法或未公示的情况，那么公司依据该规章制度开除员工就属于违法解除劳动合同。此时，员工可以依据《劳动合同法》第四十八条，要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。赔偿金的标准按照经济补偿标准的二倍计算，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 若公司规章制度没有对在公共区域吸烟的行为作出规定：
- 公司一般不能直接开除员工。公司解除劳动合同需要有明确的法律依据和事实依据，在没有规章制度依据的情况下，随意开除员工可能构成违法解除。不过，如果员工在公共区域吸烟的行为造成了严重后果，例如引发火灾、导致其他员工身体受到严重损害等，给公司带来了重大损失，公司可以根据《劳动合同法》第三十九条中“劳动者严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的”这一规定，解除与员工的劳动合同。但公司需要承担举证责任，证明员工的吸烟行为与造成的重大损害之间存在直接的因果关系。
如果公司遇到此类情况或者员工对此有疑问，都可以直接向我咨询。