可以分开起诉工程款和工程款利息，但需注意诉讼策略和法律程序上的衔接。以下从不同角度为你详细分析：

从实体法律关系角度

工程款和工程款利息是基于同一建设工程施工合同产生的不同权益。工程款是承包人完成工程建设后应得的对价，而工程款利息通常是在发包人未按照合同约定支付工程款时，对承包人的一种资金占用补偿。

根据《民法典》等相关法律规定，这两种权益具有相对独立性。所以，承包人既可以就工程款和利息一并主张，也可以分开主张。也就是说，先起诉工程款，之后再就工程款利息另行起诉，在实体法律关系上是可行的。

从诉讼程序角度

1. 分开起诉的可行性
   • 民事诉讼中，原告有权处分自己的诉讼权利。承包人可以先就工程款部分向法院提起诉讼，在法院作出判决后，如果发包人仍未支付工程款利息，承包人可以就利息部分再次向法院起诉。
   • 例如，在一个建设工程施工合同纠纷中，承包人先起诉要求发包人支付拖欠的工程款100万元，法院经审理后判决发包人支付该款项。之后，承包人发现由于发包人拖欠工程款，给自己造成了资金占用损失，按照合同约定或法律规定应支付利息5万元，此时承包人可以就这5万元利息再次向法院提起诉讼。
2. 分开起诉可能面临的问题
   • 增加诉讼成本：分开起诉意味着承包人需要两次缴纳诉讼费用、支付律师费等，并且需要投入更多的时间和精力参与诉讼程序。
   • 证据重复提交：在两次诉讼中，可能都需要提交建设工程施工合同、工程验收报告等相同的证据来证明双方之间的法律关系和工程款的数额等，这会增加当事人的举证负担。
   • 判决结果的一致性：虽然工程款和利息可以分开起诉，但法院在审理利息诉讼时，会以工程款诉讼的判决结果为基础。如果工程款诉讼的判决存在错误或争议，可能会影响到利息诉讼的判决结果。

建议

1. 综合考虑诉讼成本和效率：如果工程款和利息的数额相对较小，且证据较为明确，可以考虑一并起诉，以减少诉讼成本和提高诉讼效率。如果工程款数额较大，利息计算较为复杂，或者存在其他特殊情况，可以考虑分开起诉，但需要做好充分的诉讼准备。
2. 注意诉讼时效：无论是先起诉工程款还是工程款利息，都要注意诉讼时效的规定。根据《民法典》规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。承包人应在诉讼时效期间内及时主张自己的权利，否则可能会丧失胜诉权。
3. 保留好相关证据：在建设工程施工过程中，承包人应保留好与工程款和利息相关的所有证据，如合同、发票、付款凭证、催款通知等，以便在诉讼中能够充分证明自己的主张。

如果你在工程款和利息的诉讼过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律解答和诉讼策略建议。