结论：公司只给基本工时但扣除五险一金导致没有底薪的行为，一般是不合法的。具体是否合法，需结合劳动合同的具体约定以及公司的薪酬制度来综合判断。
分析说明：
底薪与五险一金的关系：
- 底薪是员工的基本工资，是劳动合同中约定的固定薪酬部分。
- 五险一金（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金）是员工的法定福利，公司有义务按照法律规定为员工缴纳。
- 底薪与五险一金的缴纳是两个独立的概念，底薪不应因五险一金的缴纳而被扣除或抵消。
公司行为的合法性分析：
- 如果劳动合同中明确约定了底薪，且公司未按照约定支付底薪，仅支付了基本工时对应的工资（可能低于底薪），并同时扣除了五险一金，那么这种行为很可能构成违法。因为公司未按照劳动合同约定支付劳动报酬，违反了《劳动合同法》的相关规定。
- 如果劳动合同中未明确约定底薪，或者约定了底薪但同时约定了五险一金的缴纳方式（如从底薪中扣除），那么这种情况需要具体分析。但一般来说，即使劳动合同中有此类约定，如果扣除五险一金后员工的实际收入低于当地最低工资标准，那么这种约定也是无效的，因为公司必须保证员工的工资不低于最低工资标准。
可能的法律后果：
- 如果公司行为被认定为违法，员工有权要求公司补发底薪，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
- 员工还可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对公司进行查处，并保护自己的合法权益。
建议与行动：
- 核查劳动合同：首先，建议你仔细核查自己的劳动合同，确认其中是否明确约定了底薪以及五险一金的缴纳方式。
- 与公司沟通：如果劳动合同中有明确约定，但公司未按照约定执行，你可以与公司进行沟通，要求公司按照劳动合同约定支付底薪。
- 寻求法律援助：如果公司拒绝支付底薪或沟通无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者咨询专业律师（如我）以获取更具体的法律建议和帮助。
额外提醒：
- 在处理此类问题时，务必保留好相关证据，如劳动合同、工资条、银行流水等，以便在需要时证明自己的权益。
- 不同地区的劳动法规可能有所不同，因此具体处理方式可能因地区而异。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。