核心结论：公司跟政府签约超过三年，需根据合同性质、履行情况及法律规定综合判断后续处理方式，可能涉及合同效力、续签、终止或变更等情形。以下分情况说明：

1. 合同性质与期限条款的合法性

• 合法长期合同：若合同本身属于可长期履行的类型（如基础设施特许经营、公共服务外包等），且签约时已明确约定超过三年的期限，合同有效，双方应继续履行。例如，政府与社会资本合作（PPP）项目合同期限可能长达10-30年。
• 违法超期合同：若合同属于《民法典》明确限制期限的类型（如租赁合同最长20年、定期合同超过法定年限等），超出部分无效，但已履行部分仍有效。例如，普通租赁合同约定25年，前20年有效，后5年无效。

2. 合同履行中的特殊情形

• 自动续期条款：若合同约定“期满自动续期”且未违反法律强制性规定（如政府采购合同需重新招标），续期有效，但需注意续期期限是否合法。
• 政府单方变更权：若合同涉及公共利益（如城市规划调整），政府可能依据《民法典》第533条或行政协议相关法律行使变更或解除权，但需补偿公司损失。
• 公司违约风险：若公司未按合同约定履行义务（如未完成项目进度），政府可能要求解除合同或追究违约责任，与期限无关。

3. 合同到期后的处理方式

• 协商续签：双方可重新谈判条款并签订补充协议，但需注意：
  • 政府采购项目需重新招标（《政府采购法》第46条）；
  • 特许经营项目需符合行业规定（如《基础设施和公用事业特许经营管理办法》）。
• 终止合同：若合同无续期约定且未违法，期满自然终止，双方需完成结算、移交等善后工作。
• 争议解决：若对合同效力、履行或终止有争议，可通过协商、调解、仲裁或诉讼解决，需注意：
  • 行政协议争议可能需先行政复议（《行政协议司法解释》第25条）；
  • 诉讼时效为3年（《民法典》第188条）。

4. 合规建议

• 签约前：明确合同性质、期限及法律限制，避免违法条款；
• 履行中：保留履约证据（如验收单、付款记录），应对政府审计或检查；
• 到期前：提前3-6个月与政府沟通续签或终止事宜，避免法律风险。

提示：具体处理需结合合同文本、行业规定及地方政策，建议提供合同关键条款（如期限、终止条件、争议解决方式）进一步分析。若有疑问，可直接向我咨询合同审查或争议解决方案。