关于您提出的“离职证明盖的合同专用章是否有效”的问题，这确实是一个涉及劳动法和企业内部管理流程的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确离职证明的法律效力和盖章要求。离职证明是用人单位与劳动者解除劳动关系后，由用人单位出具给劳动者的书面证明，它证明了劳动者与用人单位之间的劳动关系已经解除，并可能包含劳动者在用人单位的工作期限、工作岗位等信息。在法律上，离职证明应当具有真实性和合法性，以保障劳动者的合法权益。
关于盖章的问题，一般来说，离职证明应当加盖用人单位的公章，因为公章是用人单位对外行使权力、承担法律责任的标志。然而，在实际操作中，有些用人单位可能会使用合同专用章或其他专用章来加盖离职证明。这种情况下，离职证明的有效性就取决于多个因素：
用人单位的内部规定：如果用人单位的内部规定或规章制度中明确规定了离职证明可以使用合同专用章或其他专用章，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么这样的离职证明在内部管理上可能是有效的。但需要注意的是，这种有效性主要限于用人单位和劳动者之间，对于外部机构或第三方可能不具有同样的法律效力。
相对人的认知：如果劳动者或其他相对人有理由相信加盖合同专用章的离职证明是用人单位的真实意思表示，并且没有证据表明这一行为是未经授权的或违法的，那么根据表见代理的原则，这样的离职证明可能被视为有效。但这一判断需要具体案件具体分析，并可能涉及法律争议。
法律法规的要求：从法律法规的角度来看，离职证明应当加盖用人单位的公章以确保其真实性和合法性。如果离职证明上加盖的是合同专用章或其他非公章，且没有明确的法律法规或内部规定支持其有效性，那么这样的离职证明可能在法律上存在瑕疵。
综合建议：
对于劳动者来说，如果收到的离职证明上加盖的是合同专用章或其他非公章，可以向用人单位提出异议并要求重新加盖公章。如果用人单位拒绝或无法提供加盖公章的离职证明，劳动者可以考虑向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
对于用人单位来说，为了避免法律纠纷和保障劳动者的合法权益，应当严格按照法律法规的要求出具离职证明，并加盖公章。如果确实需要使用合同专用章或其他专用章，应当在内部规定或规章制度中明确说明，并确保这一做法不违反法律法规的强制性规定。
总之，离职证明上加盖合同专用章的有效性取决于多个因素，包括用人单位的内部规定、相对人的认知以及法律法规的要求。为了确保离职证明的真实性和合法性，建议用人单位和劳动者都遵循相关法律法规和内部规定的要求。