离职证明上盖了合同专用章，一般不能直接有效证明解除劳动合同关系。以下从多个角度为你详细分析：

一、离职证明的法定要求与印章效力

根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的规定，用人单位在解除或终止劳动合同时，必须出具解除或终止劳动合同的证明，即离职证明。这份证明应当加盖用人单位的公章或人事部门的专用章，以体现其正式性和法律效力。

1. 公章：代表单位的法人意志，是单位处理内外部事务的最高权威印鉴。在离职证明上加盖公章，能够充分体现单位对该证明内容的认可和承担相应的法律责任。
2. 人事部门专用章：同样具有代表用人单位正式身份和权威的作用。在离职证明上加盖人事部门专用章，也是符合规范的，能够确保证明的真实性和有效性。
3. 合同专用章：主要用于签订经济合同等商务活动，以明确合同的签订主体和法律效力。离职证明并非合同性质的文件，其内容和目的与合同截然不同，因此不应加盖合同专用章。

二、合同专用章在离职证明上的法律风险

1. 证明效力受限：合同专用章在离职证明上的使用会削弱证明的效力。因为离职证明的核心作用是确认员工已经离职，并与原工作单位不再存在任何劳动关系。而合同专用章主要用于合同签订，与离职证明的性质不符，可能导致证明不被接受或认可。
2. 法律风险增加：对用人单位而言，使用合同专用章出具离职证明可能被视为不规范操作，面临解释和证明的困难，甚至承担不利的法律后果。对员工而言，离职证明上加盖合同专用章可能影响其在后续就业、社保缴纳等方面的顺利进行，带来不必要的麻烦。

三、实际操作建议与后续行动

1. 要求重新出具：如果你收到的离职证明上盖的是合同专用章，你可以向用人单位提出异议，并要求其重新出具加盖公章或人事部门专用章的离职证明。
2. 保留证据：在要求重新出具离职证明的同时，建议你保留好与用人单位沟通的记录，如邮件、短信等，以备不时之需。
3. 咨询专业律师：如果你对离职证明的法律效力或用人单位的行为存在疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和帮助。

四、补充说明：离职证明的内容与作用

离职证明通常包含劳动者的姓名、身份证号码、入职和离职时间、工作岗位以及离职原因等关键信息。这些信息共同构成了证明劳动关系存在及解除情况的直接证据链。因此，在离职证明上加盖正确的印章，对于确保其法律效力和证明作用至关重要。

综上所述，离职证明上盖了合同专用章一般不能直接有效证明解除劳动合同关系。为了确保你的权益得到充分保障，建议你按照上述建议采取行动。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。