结论：您所描述的情况，即协商离职本应有经济补偿但离职证明上却写的是自己辞职，这可能会对您后续主张经济补偿产生不利影响。不过，具体影响还需根据实际情况来判断，以下我会从多个角度为您详细分析。
一、离职证明的法律意义
离职证明是用人单位与劳动者解除劳动关系的书面证明，它通常包含了劳动者的基本信息、在职时间、工作岗位以及离职原因等关键内容。在法律上，离职证明是劳动者与用人单位劳动关系终止的重要证据，对于劳动者后续求职、办理社保转移等手续都具有重要作用。
二、离职证明上“自己辞职”与协商离职的矛盾
对经济补偿主张的影响：
- 如果离职证明上明确写明是“自己辞职”，而实际上您是与用人单位协商离职并应获得经济补偿的，那么这份离职证明可能会成为用人单位拒绝支付经济补偿的借口。因为从离职证明的字面意思来看，似乎劳动者是主动离职的，而非用人单位提出解除劳动关系。
可能的法律后果：
- 如果用人单位以此为由拒绝支付经济补偿，您可能需要通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。在这个过程中，离职证明将成为关键证据之一，其内容的真实性、准确性将直接影响仲裁或诉讼的结果。
三、应对策略
与用人单位协商：
- 首先，您可以尝试与用人单位进行沟通，说明实际情况，并要求用人单位更正离职证明上的离职原因。如果用人单位同意更正，那么问题将得到妥善解决。
收集证据：
- 如果用人单位拒绝更正离职证明，您需要收集其他证据来证明您是与用人单位协商离职并应获得经济补偿的。这些证据可以包括协商离职的书面协议、录音、聊天记录等。
申请劳动仲裁：
- 如果收集到足够的证据后，用人单位仍然拒绝支付经济补偿，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁过程中，您需要提交相关证据来证明自己的主张。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，您还可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将根据双方提交的证据和法律规定来作出判决。
四、注意事项
及时行动：
- 一旦发现离职证明上的内容与实际情况不符，应尽快与用人单位沟通并采取措施进行更正或收集证据。因为时间拖得越久，证据可能越难收集，且可能影响您的权益主张。
保留原件：
- 在与用人单位沟通或申请劳动仲裁、提起诉讼的过程中，务必保留好所有相关证据的原件或复印件，以备不时之需。
寻求专业帮助：
- 如果您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到保障，可以寻求专业律师的帮助。律师将为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的权益。
最后，我希望您能够顺利解决这个问题。如果您在后续过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。