针对您提出的“二次入职试用期怎么约定”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。这一条款是明确且具有强制性的，意味着无论劳动者在同一用人单位内经历了多少次离职与再入职，或者岗位发生了何种变化，用人单位都只能与该劳动者约定一次试用期。

接下来，我们分析您提到的具体情境：员工从本公司A岗位离职5年后，再次入职本公司B岗位，且两个岗位的职责和层级完全不同。尽管岗位发生了变化，但根据《劳动合同法》的规定，这并不影响试用期只能约定一次的原则。也就是说，即使员工再次入职的是与之前完全不同的岗位，用人单位也不能与其重新约定试用期。

此外，您还提到了《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》和《关于中华人民共和国劳动法若干条文的说明》中关于试用期的相关内容。这两份文件虽然在一定程度上对试用期进行了说明和补充，但当它们与《劳动合同法》的规定不一致时，我们应当以《劳动合同法》为准。这是因为《劳动合同法》是专门规范劳动合同关系的法律，具有更高的法律效力和权威性。

最后，关于试用期的具体约定，根据《劳动合同法》的规定，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。同时，试用期是包含在劳动合同期限内的，如果劳动合同仅约定了试用期，那么试用期不成立，该期限即为劳动合同期限。

综上所述，对于二次入职的员工，无论其再次入职的岗位是否与之前相同，用人单位都只能与其约定一次试用期，且试用期的长度应根据劳动合同的期限来确定。希望这个解答能够帮助您更好地理解和处理相关问题。